研究業績

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原著論文(査読あり)

1.  “Theoretical Analysis of the Aggregation-Inhibition Effect of Arginine on Polyglutamine Protein by the Generalized-Ensemble Method“ Shoichi TANIMOTO and Hisashi OKUMURA Journal of Computer Chemistry, Japan 22, 18-20 (2023). DOI: 10.2477/jccj.2023-0020

2.  ““Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2” Shoichi Tanimoto, Satoru G. Itoh, and Hisashi Okumura Biophys. J. 120, 3615-3627 (2021). DOI: 10.1016/j.bpj.2021.07.026

3.  “Dynamic properties of SARS-CoV and SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerases studied by molecular dynamics simulations” Satoru G. Itoh, Shoichi Tanimoto, and Hisashi Okumura Chem. Phys. Lett. 778, 138819 (2021). DOI: 10.1016/j.cplett.2021.138819

4.  “A computational method to simulate global conformational changes of proteins induced by cosolvent” Shoichi Tanimoto, Koichi Tamura, Shigehiko Hayashi, Norio Yoshida, and Haruyuki Nakano J. Comput. Chem. 42, 552-563 (2021). (Selected as a “Front Cover”) DOI: 10.1002/jcc.26481

5.  “Effect of molecular orientational correlations of solvation free energy computed by reference interaction site model theory” Shoichi Tanimoto, Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi, Seiichiro L. Ten-no, and Haruyuki Nakano J. Chem. Inf. Model. 59, 3770-3781 (2019). DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00330

6.  “The ion dependence of carbohydrate binding of CBM36: an MD and 3D-RISM study” Shoichi Tanimoto, Masahiro Higashi, Norio Yoshida, and Haruyuki Nakano J. Phys. Condens. Matter 28, 344005 (8pp) (2016). DOI: 10.1088/0953-8984/28/34/344005

総説論文(査読あり)

1.  “液体の積分方程式理論による溶媒が生体分子の機能と構造に及ぼす影響の理論的研究” 谷本 勝一; 溶液化学研究会誌 2, 14-18 (2022). Link

2.  “State-of-the-art molecular dynamics simulation studies of RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2” Shoichi Tanimoto, Satoru G. Itoh, and Hisashi Okumura Int. J. Mol. Sci. 23, 10358 (2022). DOI: 10.3390/ijms231810358

3.  “新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼによるリガンド認識の分子動力学シミュレーション” 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; シミュレーション 41, 83-94 (2022). Link

4.  “液体の積分方程式理論による溶媒が生体分子の機能と構造に及ぼす影響の理論的研究” 谷本 勝一; 分子シミュレーション学会誌 ”アンサンブル” 23, 49-54 (2021). DOI: 10.11436/mssj.23.49

学会発表(国際学会)

1. 1.  “Effect of molecular orientational correlations on solvation free energy computed by reference
      interaction site model method” Shoichi Tanimoto, Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi, Seiichiro L.
      Ten-no, and Haruyuki Nakano The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules P01 (poster) (9/5, 2019) Aichi, Japan.

   2.  “Effect of molecular orientational correlations on solvation free energy computed by reference
      interaction site model method” S. Tanimoto, N. Yoshida, S. L. Ten-no, and H. Nakano The 24th Joint Seminar of the Kyushu Branch of the CSJ and the Busan Branch of the KCS P-4 (poster) (6/8, 2019) Kumamoto, Japan.

   3.  “Effect of the distributed partial wave expansion on the solvation free energy in the 3D-RISM
      theory” Shoichi Tanimoto, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano 255th ACS National Meeting & Exposition COMP 242 (poster) (3/20, 2018) New Orleans, The United States of America.

   4.  “Theoretical study of Zinc affinity for VHH antibody” Kentaro HANDA, Shoichi TANIMOTO, Norio YOSHIDA, Koki MAKABE, Mitsuo UMETSU, Haruyuki NAKANO The 5th Symposium; Studying the Function of Soft Molecular Systems by the Concerted Use of Theory and Experiment P-62 (poster) (6/28, 2017) Hokkaido, Japan.

   5.  “New solvation free energy expression for the three-dimensional reference interaction site model
      combined with the distributed partial wave expansion correction” Shoichi TANIMOTO, Norio
      YOSHIDA, Haruyuki NAKANO The 5th Symposium; Studying the Function of Soft Molecular Systems by the Concerted Use of Theory and Experiment P-60 (poster) (6/28, 2017) Hokkaido, Japan.

   6.  “Role of calcium ion in molecular recognition process of calcium-dependent carbohydrate-binding module” S. Tanimoto, M. Higashi, N. Yoshida, H. Nakano Joint EMLG/JMLG Annual Meeting 2016 P7 (poster) (9/13, 2016) Chania, Hellenic Republic.

   7.  “Role of calcium ion in molecular recognition process of calcium-dependent carbohydrate-binding
      module” S. Tanimoto, N. Yoshida, M. Higashi, and H. Nakano The 4th International Symposium on
      “Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions” P065 (poster)
      (11/22, 2015) Fukuoka, Japan.

   8.  “Role of calcium ion in molecular recognition process of calcium-dependent carbohydrate-binding module” Norio Yoshida, Shoichi Tanimoto, Masahiro Higashi, Haruyuki Nakano 34th International Conference on Solution Chemistry 0047 (poster) (8/31, 2015) Prague Czech Republic.

   9.  “Role of calcium ion in molecular recognition process of calcium-dependent carbohydrate-binding
      module” Shoichi Tanimoto, Masahiro Higashi, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano IUPAC-2015 45th World Chemistry Congress PC-P0742-TUE (poster) (8/11, 2015) Busan, Republic of Korea.

学会発表(国内学会)

1. 1. 「ポリグルタミンタンパク質の凝集阻害機構のレプリカ置換分子動力学シミュレーション」 谷本 勝一, 奥村 久士; 第37回分子シミュレーション討論会 119P (ポスター) (12/4, 2023) 福井県福井市.

   2. 「レプリカ置換法によるポリグルタミンタンパク質の凝集に対するアルギニンの阻害機構の理論的解析」 Shoichi Tanimoto, Hisashi Okumura; 第61回日本生物物理学会年会 1Pos202 (ポスター) (11/14, 2023) 愛知県名古屋市. 

   3. 「拡張アンサンブル法によるアルギニンのポリグルタミンタンパク質に対する凝集阻害効果の理論的解析」 谷本 勝一, 奥村 久士; 日本コンピュータ化学会2023年春季年会 1P14 (ポスター) (6/1, 2023) 東京都目黒区.

   4. 「新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼによるリガンド認識の分子動力学シミュレーション」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第16回分子科学討論会2022横浜 2C12 (口頭) (9/20, 2022) 神奈川県横浜市.

   5. 「新型コロナウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼによるリガンド認識の分子シミュレーション」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第24回理論化学討論会 1L11 (口頭) (5/17, 2022) 石川県金沢市.

   6. 「分子動力学シミュレーションによるSARS-CoV及びSARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼの比較」 伊藤 暁, 谷本 勝一, 奥村 久士; スーパーコンピュータワークショップ2021 P-3 (ポスター) (1/11, 2022) オンライン.

   7.  "Differences in dynamic properties of the RNA-dependent RNA polymerase between SARS-CoV and SARS-CoV-2 using molecular dynamics simulation" 伊藤 暁, 谷本 勝一, 奥村 久士; 第4回ExCELLSシンポジウム PS21 (ポスター) (12/20, 2021) オンライン.

   8. 「SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼのリガンド認識メカニズム」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第35回分子シミュレーション討論会 303S (口頭) (12/1, 2021) 岡山県岡山市.

   9. 「分子動力学シミュレーションを用いたSARS-CoVとSARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼに関する動的特性の比較」 伊藤 暁, 谷本 勝一, 奥村 久士; 第35回分子シミュレーション討論会 204S (口頭) (11/30, 2021) 岡山県岡山市.

   10. 「SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼにおけるリジン残基による「バケツリレー」リガンド輸送」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第59回日本生物物理学会年会 2-05-1724 (口頭) (11/26, 2021) オンライン.

   11. 「SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼにおけるリジン残基による「バケツリレー」リガンド輸送」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第61回生物物理若手の会夏の学校(BPSS2021) 24 (ポスター) (9/9, 2021) オンライン.

   12. 「SARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼにおける「バケツリレー」リガンド認識メカニズム」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第21回日本蛋白質科学会年会 3P-45 (ポスター) (6/18, 2021) オンライン.

   13. 「分子動力学シミュレーションによるSARS-CoV及びSARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼにおけるドメイン運動に関する研究」 伊藤 暁, 谷本 勝一, 奥村 久士; 第21回日本蛋白質科学会年会 2P-30 (ポスター) (6/17, 2021) オンライン.

   14. 「SARS-CoV-2のRNA依存RNAポリメラーゼにおけるリジン残基を介した「バケツリレー」リガンド認識メカニズム」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; 第47回生体分子科学討論会 P22 (ポスター) (6/4, 2021) オンライン.

   15. 「COVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼと阻害薬候補の分子動力学シミュレーション」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; スーパーコンピュータ「富岳」供用開始イベントHPCIフォーラム －スーパーコンピュータ「富岳」への期待－ COVID-19課題HPCI(1) (誌面) (3/9, 2021) オンライン開催.

   16. 「分子動力学シミュレーションで見るCOVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼとその阻害薬」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; HPCIオープンセミナー「スーパーコンピュータとCOVID-19」 (2) (口頭) (1/19, 2021) オンライン.

   17.  "All-atom molecular dynamics simulations of remdesivir and favipiravir binding to the RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2" Shoichi Tanimoto, Satoru G. Itoh, and Hisashi Okumura; 第3回ExCELLSシンポジウム 32B (ポスター) (12/21, 2020) オンライン.

   18. 「COVID-19ウイルスのRNAポリメラーゼと阻害薬候補の分子動力学シミュレーション」 谷本 勝一, 伊藤 暁, 奥村 久士; メディア向けオンライン説明会「新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時公募課題」の最前線 (1) (口頭発表) (8/7, 2020) オンライン.

   19. 「液体の積分方程式理論における溶媒和自由エネルギー表式に対する分子配向の影響」 谷本 勝一, 吉田 紀生, 山口 毅, 天能 精一郎, 中野 晴之; 第42回溶液化学シンポジウム P59 (ポスター) (10/30, 2019) 宮城県仙台市.

   20.  "Effect of the orientational correlation of molecules on the solvation free energy computed by the reference interaction site model theory" 谷本 勝一; 平成30年度 大学院教育プログラム 博士後期課程2年生 全体研究報告会 6 (口頭) (10/15, 2018) 福岡県福岡市.

   21. 「3D-RISM法における溶媒分子配向を取り込んだ溶媒和自由エネルギー表式の評価」 谷本 勝一, 吉田 紀生, 中野 晴之; 第12回分子科学討論会2018福岡 2P097 (ポスター) (9/11, 2018) 福岡県福岡市.

   22.  "New solvation free energy expression for the 3D-RISM combined with the distributed partial wave expansion" Shoichi Tanimoto; The 11th Mini-Symposium on Liquids “MSL2017” P6 (ポスター) (10/14, 2017) 福岡県福岡市.

   23. 「部分波展開法と3D-RISM法の結合による新たな溶媒和自由エネルギー計算式の提案」 Shoichi Tanimoto, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano; 第55回日本生物物理学会年会 1Pos065 (ポスター) (9/19, 2017) 熊本県熊本市.

   24. 「部分波展開法と3D-RISM法の結合による新たな溶媒和自由エネルギー計算式の提案」 谷本 勝一, 吉田 紀生, 中野 晴之; 第11回分子科学討論会2017仙台 3P092 (ポスター) (9/17, 2017) 宮城県仙台市.

   25. 「部分波展開法と3D-RISM法の結合による新たな溶媒和自由エネルギー計算式の提案」 谷本 勝一; 第29回液体の化学夏の学校 5 (口頭) (9/7, 2017) 福岡県糟屋郡.

   26. 「Ca2+依存性糖質結合モジュールの分子認識におけるCa2+の役割」 谷本 勝一, 東 雅大, 吉田 紀生, 中野 晴之; 第6回CSJ化学フェスタ2016 P2-017 (ポスター) (11/14, 2016).

   27. 「Ca2+依存性糖質結合モジュールの分子認識におけるカルシウムイオンの役割」 谷本 勝一, 東 雅大, 吉田 紀生, 中野 晴之; 第10回分子科学討論会2016神戸 3P100 (ポスター) (9/15, 2016).

   28. 「Ca2+依存性糖質結合モジュールの分子認識におけるカルシウムイオンの役割」 谷本 勝一; 第56回分子科学若手の会夏の学校 26(B) (ポスター) (8/22 and 25, 2016).

   29. 「生体分子の機能を見てみよう: 理論化学でみるタンパク質の分子認識」 谷本 勝一; 平成28年度九州大学理学部化学科前期特別談話会 L02 (口頭) (8/9, 2016).

   30. 「液体の統計力学理論でみる生体分子の溶媒和」 谷本 勝一, 吉田 紀生; 研究会「分子を使った寄せ木細工」 招待A16 (招待講演; 口頭) (5/28, 2016).

   31. 「Ca2+依存性糖質結合モジュールの分子認識におけるカルシウムイオンの役割」 谷本 勝一; 九州大学大学院理学府平成27年度大学院教育プログラム全体研究報告会 4 (口頭) (3/10, 2016).

   32. 「バイオマス利用に向けた酵素反応解析」 谷本 勝一, 東 雅大, 吉田 紀生, 中野 晴之; 第6回CMSI研究会 21 (招待講演; 口頭) (12/8, 2015).

   33. 「Ca2+イオン依存性セルロース結合モジュールの分子認識におけるカルシウムイオンの役割」 谷本 勝一, 東 雅大, 吉田 紀生, 中野 晴之; 新学術領域研究「柔らかな分子系」第4回全体合宿会議 P-56 (ポスター) (11/25, 2015).

ニュースレター及び解説記事(査読なし)

1.  "Molecular Simulations of RNA-Depenent RNA Polymerase of SARS-CoV-2" Shoichi Tanimoto, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura Encyclopedia (2023). Link

2. 「業績紹介: Ca2+依存性糖質結合モジュールの糖認識における溶媒和の影響を解明」 谷本 勝一, 吉田 紀生, 中野 晴之; 新学術領域研究「柔らかな分子系」ニュースレター No. 36, p. 263 (2016). Link

3. 「IUPAC2015参加およびSihyun Ham研究室訪問報告」 谷本 勝一; 新学術領域研究「柔らかな分子系」ニュースレター No. 25, p. 185 (2015). Link

受賞

1.  Shoichi Tanimoto, Satoru G. Itoh, and Hisashi Okumura, JSST 2023 Best Author Award (2023).

2.  谷本 勝一, 第42回溶液化学シンポジウムポスター賞 (2019) 宮城県仙台市.

給付型奨学金及び外部資金獲得実績

1.  2022年4月 ~ 2025年3月(予定)　日本学術振興会特別研究員(PD) 特別研究員奨励費(研究代表者).

2.  2021年4月 ~ 2024年3月(予定)　若手研究(研究代表者).

3.  2019年4月 ~ 2020年3月　日本学術振興会特別研究員(DC2) 特別研究員奨励費(研究代表者).

4.  2017年9月1日 ~ 2019年3月31日　平成29年度九州大学博士後期課程奨学金 特に優秀な学生に対する奨学支援.

5.  2017年6月20日 ~ 2018年3月31日　公益財団法人　日揮･実吉奨学会奨学金.

6.  2017年5月　日本学生支援機構第一種奨学金返還全額免除.

7.  2016年9月9日 ~ 2017年3月31日　平成28年度九州大学理学部等基金による奨学金.

セミナー・アウトリーチ活動

1.  マイナビニュース　「新型コロナのタンパク質にアビガンなどが取り込まれる仕組みを分子研などが解明」 (8/4, 2021).

2.  分子科学研究所プレスリリース 「新型コロナウイルスの遺伝子を複製するタンパク質にレムデシビル、アビガンが取り込まれる過程を解明(奥村久士グループ)」 (8/3, 2021).

3.  EurekAlert! ““Bucket brigade” using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2” (7/31, 2021).

4.  NHK 神戸ニュース 「スパコンで新型コロナ研究報告」 (8/31, 2020).

5.  “Theoretical study of the effect of solvents on the function and structure of biomolecules by the integral equation theory of solvation” Shoichi Tanimoto; Seminar@iCeMS (2/3, 2020) (Dr. Daniel Packwoodのホスト, 京都大学物質-細胞統合システム拠点(iCeMS)).

6. 「溶液中の分子の動き、構造、機能を理論と計算で「みる」」 谷本 勝一; 平成29年度ESSP第2回公開講演会(化学、地球惑星科学及び数学に関する講演) 講演1 (12/16, 2017).

7. 「部分波展開法に基づく新たな積分方程式理論の開発」 谷本 勝一; 化学物理･生物物理セミナー (12/7, 2017) (植松 祐輝氏(現 九州工業大学 大学院情報工学研究院 物理情報工学研究系 准教授)のホスト, 九州大学伊都キャンパス).

8.  依頼公演; 平成29年度化学科2年生研修旅行 (9/29, 2017).

9.  出前授業; 山口県立岩国高等学校 (11/18, 2016).