Untuk mengoptimalkan seluruh potensi siswa, pembelajaran di SMP YPPK Santa Monika menggunakan sejumlah model pembelajaran, yakni: Pembelajaran Klasikal; Pembelajaran di Laboratorium atau di Luar Kelas; Pembelajaran Berbasis Proyek yang umumnya dilakukan di Luar Kelas; serta berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Melalui penggunaan beragam model pembelajaran ini diharapkan akan memberikan kesempatan yang luas kepada siswa untuk mendapatkan pengalaman belajar yang bermakna. Siswa juga diberikan ruang yang luas untuk mengalami secara langsung proses dalam mencari pengetahuan, membangun pemahamannya secara mandiri, serta memproduksi pengetahuan yang ditemukannya melalui presentasi (publikasi) secara terbuka.
Pengalaman dalam ragam model pembelajaran ini terbukti mampu meningkatkan motivasi siswa dalam belajar, meningkatkan kepercayaan diri, serta semakin trampil dalam berkomunikasi dan memecahkan masalah.
Pembelajaran berbasis proyek adalah model pembelajaran yang saat ini didorong oleh Pemerintah melalui penerapan Kurikulum Merdeka Belajar. Sebelum kebijakan ini dicanangkan Pemerintah, Pembelajaran Berbasis Proyek ini sudah kerap dilakukan di SMP YPPK Santa Monika melalui pendampingan oleh Yayasan Nusantara Sejati. Sejumlah Pembelajaran Berbasis Proyek yang sudah dilakukan antara lain Proyek Pembuatan Kripik Pisang, Proyek Pembuatan Abon, Proyek Sosial, Proyek Farming, dan lain sebagainya.
Melalui Pembelajaran berbasis proyek ini siswa belajar materi pembelajaran, mengasah berbagai ragam ketrampilan belajar, serta menumbuh-kembangkan berbagai karakter baik seperti empati, berpikir positif, dan lain sebagainya.
Kegiatan Ektrakurikuler yang dilakukan di SMP YPPK Santa Monika cukup beragam, antara lain: Sepak Bola Mini, Bola Volly, Bulutangkis, Olah Vocal, Tarian lokal dan kontenporer, hingga Literasi baca tulis. Banyaknya ragam aktivitas yang diselengarakan terutama untuk mengakomodasi beragamnya minat dan bakat dari setiap anak di SMP YPPK Santa Monika. Sejumlah guru terlibat dalam program Ekstrakurikuler ini untuk mendampingi dan memfasilitasi kegiatan.
Seluruh aktivitas ekstrakurikuler dilakukan di lingkungan sekolah SMP YPPK Santa Monika yang cukup luas dan dengan prasarana yang tersedia.
Pandemi Covid 19 yang melanda dunia memberikan dampak yang luas termasuk di Teluk Bintuni. Seluruh Aktivitas pendidikan di sekolah dihentikan untuk menekan angka penyebaran virus secara lebih luas.
Dengan memperhatikan kondisi dan kemampuan sekolah, pada mulanya, kebijakan yang diambil oleh SMP YPPK Santa Monika adalah membagi materi yang dipelajari anak secara mandiri di rumah. Dalam perjalanan, kebijakan ini dipandang tidak efektif, sehingga diputuskan agar Guru-guru tetap mengajarkan kepada anak, tetapi tidak pada satu titik. Proses belajar dilakukan dalam kelompok-kelompok kecil di 9 wilayah, di Kota Bintuni.
Program ini diselenggarakan selama satu tahun dan mendapat tangapan positif dari berbagai pihak, terutama dari orang tua murid. Murid juga merasa sangat terbantu dalam belajar, dibandingkan harus belajar secara mandiri di rumah.
Sejumlah orang tua memfasilitasi tempat belajar di wilayah masing-masing, baik di rumah-rumah mereka, maupun dengan membantu (mendirikan) pos khusus untuk pembelajaran Masa Pandemi di wilayah mereka.