В слове подоконник пишется 2 н, потому что первая н является частью приставки под-, а вторая н - частью корня -окон-. Приставка под- обозначает местоположение под чем-либо, а корень -окон- обозначает окно.    Правило написания двойных согласных в русском языке гласит, что двойные согласные пишутся в тех случаях, когда приставка оканчивается на согласную, а корень начинается на ту же согласную. В слове подоконник это правило выполняется, поэтому в нем пишется 2 н.