Nel 1979 la rivoluzione islamica guidata da Ruhollah Khomeini aveva rovesciato il governo persiano filo occidentale dello scià Mohammad Reza Pahlavi, imponendo una teocrazia illiberale di matrice sciita. Contemporaneamente, Saddam Hussein prendeva il posto di Ahmed Hasan al-Bakr come segretario del Partito Ba'th e guida del regime iracheno. Le divergenze ideologiche tra i due governi erano profonde ed incolmabili, soprattutto dal punto di vista religioso: mentre a Teheran vigeva uno stato basato sui dettami dell'islam sciita, a Baghdad il regime Ba'th instauratosi nel decennio precedente era a vocazione laica, socialista e panaraba. Inoltre, l'instaurazione della Repubblica Islamica in Iran poneva seri timori riguardo alla stabilità politica dei vicini, dal momento che il governo di Saddam si reggeva su un delicato equilibrio tra la minoranza sunnita – alla quale apparteneva il presidente – e la maggioranza sciita, che avrebbe potuto subire il fascino della vicina teocrazia, provocando ribellioni o tentando la secessione. Infine, entrambi i paesi rifiutavano di riconoscere il trattato sui confini stipulato nel 1975 dai loro predecessori, tentando di estendere il proprio controllo su un'area ricca di giacimenti petroliferi.

Sotto lo Reza Palavi Scià l'esercito iraniano era diventato il più numeroso e potente di tutta la regione, dotato delle più moderne tecnologie fornitegli dagli USA; la popolazione persiana era tripla rispetto a quella irachena (50 milioni contro 17 circa). Però, in seguito alla rivoluzione, tutto lo stato maggiore, in migliaia tra generali, ufficiali, soldati, medici e tecnici erano stati processati e giustiziati (o erano fuggiti per mettersi in salvo) ed il paese era sotto embargo economico e militare: le forze armate iraniane, così come lo Stato e la società civile, erano in piena fase di ricostruzione, mentre l'Iraq possedeva un esercito coeso e ben organizzato. Dunque, Saddam Hussein ritenne che quello fosse il momento più profittevole per un attacco a sorpresa. Dopo pochi mesi di pianificazione, il 22 settembre 1980, senza aver dichiarato guerra, l'esercito iracheno oltrepassò il confine occidentale – prevalentemente nella regione meridionale del Khuzestan, ricca di idrocarburi, a maggioranza araba e affacciata sul mare – dell'Iran, senza praticamente incontrare resistenza. Tutto andava secondo i piani di Saddam, che sperava in una guerra-lampo.

Tra il 1980 ed il 1982 le truppe irachene avanzarono pressoché indisturbate, convinte di una semplice vittoria. Nel frattempo, l'Iran stava mobilitando il suo enorme esercito di oltre 350'000 uomini – avrebbe raggiunto i 900'000 entro la fine del conflitto – lontano dal fronte, in maniera sicura e nascosta, presso il confine orientale. Nei primi mesi del 1982 il comando dell'esercito venne affidato al clero sciita: data la scarsa fiducia nell'esercito regolare appena riformato, questi decisero di inviare al fronte le unità della Guardia Rivoluzionaria, formate da mullah e religiosi vari, motivati dalla spinta religiosa ma pressoché privi di addestramento. Impossibilitati ad elaborare strategie complesse, gli iraniani si fecero forti del numero e presero ad affrontare il nemico con enormi ondate di fanteria anticipate da violentissimi e lunghi bombardamenti d'artiglieria. Le perdite furono ingenti, ma in pochi mesi gli iracheni furono costretti a ritirarsi e gli iraniani arrivarono ad assediare Bassora. Nel 1981 anche Israele entrò nascostamente nel conflitto, bombardando e distruggendo una centrale nucleare fornita dalla Francia all'Iraq.

L'esercito dell'Iraq, più ricco, organizzato, professionale e fornito di mezzi all'avanguardia sovietici, francesi e britannici, non era in realtà ben preparato come amava dipingersi: si racconta che i suoi carristi non erano in grado di utilizzare i sistemi di puntamento computerizzati dei T62 sovietici, così come altre tecnologie di cui potevano fregiarsi, grazie al supporto di Arabia Saudita, Kuwait, Francia, Gran Bretagna, Cina, URSS e Stati Uniti. L'Iran era supportato principalmente da Libia, Corea del Nord e – di nascosto – dagli USA in un complesso scambio di armi per ostaggi, che provocò il noto scandalo Iran-Contras.

Nel 1984 il conflitto raggiunse il Golfo Persico, dove l'aviazione di Baghdad attaccò numerose petroliere che lasciavano i porti iraniani, mentre questi minarono le acque antistanti Bassora.

Gli USA intervennero schierando numerose navi e scontrandosi spesso con la flotta persiana.

La guerra si trascinò in una situazione di stallo per altri quattro anni. Nel 1988 l'esercito di Saddam Hussein riuscì a portare a compimento alcune offensive molto efficaci, che accelerarono la conclusione del lungo conflitto. Saddam sapeva che non sarebbe riuscito a riconquistare il territorio a cui puntava inizialmente, Khomeini si rese conto di non poter ottenere una vittoria sufficientemente netta da scalzare il regime del Ba'th in Iraq. Nell'agosto 1988 l'Iran accettò la risoluzione dell'ONU e i due paesi firmarono il cessate il fuoco.

Le stime sul conflitto oscillano tra i 500'000 ed il milione di morti. È stato provato, in base alle testimonianze di giornalisti internazionali e di indagini avviate sul fronte, l'utilizzo di gas nervini e vescicanti da parte dell'esercito iracheno; i corrispettivi iraniani non si mostrarono particolarmente meno cruenti, impiegando decine di migliaia di adolescenti e bambini sino ai 10 anni di età come costruttori, operai, minatori. Inoltre, nessuno dei contendenti si mostrò clemente verso le vittime civili: entrambi attaccarono a lungo le città nemiche con bombardamenti a tappeto, tentando di fare più morti possibili allo scopo di abbattere il morale della popolazione.