Publications
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Articles
Tomimoto, S., Iwasa, Y., Satake, A., 2025. Branching architecture affects genetic diversity within an individual tree, Journal of Theoretical Biology 605, 112093. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2025.112093
Tomimoto, S. and Satake, A., 2024. Spotlight: Tropical trees inherit low-frequency somatic mutations, Trends in Genetics 40(8), 636–637. https://doi.org/10.1016/j.tig.2024.05.003
Iwasa, Y., Tomimoto, S., Satake, A., 2024. Genetic diversity within a tree and alternative indexes for different evolutionary effects, Quantitative Plant Biology 5, e11. https://doi.org/10.1017/qpb.2024.9
Satake, A., Imai, R., Fujino, T., Tomimoto, S., Ohta K., Na’iem, M., Indrioko, S., Widiyatno, Purnomo, S., Molla Morales, A., Nizhynska, V., Tani, N., Suyama, Y., Sasaki, E., Kasahara, M., 2023. Somatic mutation rates scale with time not growth rate in long-lived tropical trees, eLife 12, RP88456. https://doi.org/10.7554/eLife.88456.1
Tomimoto, S. and Satake, A., 2023. Modelling somatic mutation accumulation and expansion in a long-lived tree with hierarchical modular architecture, Journal of Theoretical Biology 565, 111465. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2023.111465
Iwasa, Y., Tomimoto, S., Satake, A., 2023. The genetic structure within a single tree is determined by the behavior of the stem cells in the meristem, Genetics 223(4), iyad020. https://doi.org/10.1093/genetics/iyad020
Fellowships and Grants
Grant-in-Aid for JSPS Fellows (DC1), 2023–2026
JSPS Overseas Challenge Program for Young Researchers, 2024
Oral presentations
Tomimoto, S., Satake, A., and Otto, P.S. Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift, Acmb-Jsmb 2025, Kyoto, July 2025.
Tomimoto, S. and Satake, A. Estimating dynamics of somatic mutation accumulation in long-lived tropical trees, IPMB 2024, Cairns, June 2024.
Tomimoto, S., Imai, R., Sakaki, E., and Satake, A. Somatic mutation may contribute to the genetic diversity of the tropical tree population, 15th APBON Web Seminar (Hybrid), Fukuoka, February 2023.
Tomimoto, S. and Satake, A. Modeling mutation accumulation and expansion in long-lived trees with complex branching structure, International Symposium “Secrets of stem cells underlying longevity and persistent growth in plants”, Tohoku University, Japan, April 2021.
Poster presentations
Tomimoto, S., Satake, A., and Otto, P.S. Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift, Mutation in Time and Space 2025, Cambridge, April 2025.
Tomimoto, S., Sasaki, E., and Satake, A. Modelling proliferation of retrotransposons in somatic stem cell lineages of plants, The 2024 Cold Spring Harbor Laboratory meeting: Transposable Elements, New York, October 2024.
Tomimoto, S., Satake, A., and Iwasa, Y. Branching architecture and genetic diversity within an individual tree, Gordon Research Conference on Ecological and Evolutionary Genomics, Rhode Island, August 2023.
Tomimoto, S., Imai, R., and Satake, A. Within-individual genetic diversity in tropical trees, INTECOL 2022, Geneva, September 2022.
Tomimoto, S. and Satake, A. Modeling mutation accumulation and expansion in long-lived trees with complex branching structure, Society for Mathematical Biology 2021 annual meeting, California, June 2021.
国内学会・シンポジウムでの発表
富本創. 植物の個体内・集団内における体細胞変異動態, 第3回理論進化生態フォーラム, 総合研究大学院大学, 2025年11月. (口頭, 招待講演)
Sou Tomimoto, Eriko Sasaki, Akiko Satake. Modelling proliferation of retrotransposons in somatic stem cell lineages of plants, 日本植物学会第27回福岡大会, 九州大学, 2025年9月. (ポスター)
Sou Tomimoto, Eriko Sasaki, Akiko Satake. Modelling proliferation of retrotransposons in somatic stem cell lineages of plants, 日本進化学会第89回滋賀大会, 長浜バイオ大学, 2025年8月. (ポスター)
富本創, 巌佐庸, 佐竹暁子. 体細胞突然変異は変動環境への適応に寄与するか？ 第72回日本生態学会, 北海道大学, 2025年3月. (ポスター)
Tomimoto, S. and Satake, A. Estimating dynamics of somatic mutation accumulation in long-lived tropical trees, 日本植物学会第88回大会, 宇都宮大学, 2024年9月. (口頭)
Sou Tomimoto, Yoh Iwasa, Akiko Satake. Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift, Multiple Copy Effect: 体細胞変異は繰り返し集団へ供給されモジュラー生物の進化により強く寄与する. 2024年度日本数理生物学会年会, 北海道大学, 2024年9月. (ポスター, 優秀賞)
Sou Tomimoto, Yoh Iwasa, Akiko Satake. Multiple-copy effect of somatic mutation enhances mutant establishment by overcoming loss by genetic drift, 第26回日本進化学会神奈川大会, 東海大学湘南キャンパス, 2024年8月. (口頭 in English, 学生口頭発表 最優秀賞)
富本創, 巌佐庸, 佐竹暁子. はじめに：モジュラー生物で体細胞変異が受け継がれることの重要性, 第71回日本生態学会, 横浜国立大学, 2024年3月. (口頭)
Sou TOMIMOTO, Yoh IWASA, Akiko SATAKE. Branching architecture affects genetic diversity within an individual tree, 第71回日本生態学会, 横浜国立大会, 2024年3月. (口頭 in English)
富本創, 佐竹暁子, 巌佐庸. 樹形構造と体細胞突然変異による樹木個体内の遺伝的多型, 日本進化学会第25回沖縄大会, 琉球大学, 2023年9月. (ポスター)
富本創, 佐竹暁子. 樹形構造がもたらす樹木個体内の遺伝的多様性の解明, 第70回日本生態学会大会, 東北大学, 2023年3月. (口頭)
富本創, 今井亮介, 佐竹暁子. 樹木個体内で生じる体細胞変異は遺伝的多様性を高めるか？ ゲノムデータと数理モデルによる統合解析, 2022年度日本数理生物学会年会, 明治大学, 2022年9月. (口頭)
今井亮介, 富本創, 佐竹暁子. 個体内の変異が多様性を生み出し環境適応をもたらす仕組み, 遺伝研研究集会「生物多様性の DNA 情報学 2022」, オンライン, 2022年4月. (口頭, ジョイントトーク)
富本創, 佐竹暁子. 熱帯と温帯域に生息する長寿命樹木における体細胞変異パターンの種間比較, 第69回日本生態学会大会, 九州大学, 2022年3月. (ポスター)
富本創, 佐竹暁子. 樹木における体細胞変異の蓄積と拡がりのシミュレーションモデル, 第68回日本生態学会大会, 岡山大学, 2021年3月. (ポスター)
富本創, 佐竹暁子. 樹木における体細胞変異の蓄積・拡散のシミュレーション, 2020年度日本数理生物学会年会, 名城大学, 2020年9月. (口頭)
シンポジウム企画等
林玲奈, 富本創. 若手向け企画「Bozic先生を囲む会」, 2024年度日本数理生物学会年会, 北海道大学, 2024年9月.
富本創. 自由集会「モジュラー生物がもつ多様な生活史：植物、サンゴ、社会性昆虫を通して考える」, 第71回日本生態学会, 横浜国立大会, 2024年3月.
永濱 藍, 上野尚久, 野口 奨悟, 原 直誉, 夫婦石 千尋, 富本 創, 大崎 壮巳, 高屋 浩介, 植村 洋亮. 若手で語ろう！生態学 「はじまりの生態学 〜 研究者のルーツを探る 〜」, 2023年5月.
Takeuchi, Y., Tomimoto, S., Myotoishi, C., 15th APBON Web Seminar (Hybrid), Fukuoka, February 2023.