SMP PGRI Mulyaharja didirikan pada tanggal 23 Agustus 1982 di bawah naungan YPLP-Dikdasmen PGRI Kabupaten Bogor, yang berlokasi di Desa Mulyaharja Kecamatan Cijeruk Kabupaten Bogor, dan masih menumpang di SD Negeri Cibeureum 01.

Tahun 1984 keluarlah SK Pendirian dari Kantor Pendidikan dan Kebudayaan nomor: 081/102.kop/E.84 tertanggal 01 maret 1984, sehingga secara resmi SMP PGRI Mulyaharja beroperasi dengan status terdaftar di bawah binaan SMP Negeri 1 Cijeruk.

Dengan adanya otonomi daerah PP Nomor 2 Tahun 1995 tentang pemekaran dan penggabungan wilayah, 3 Desa di Kecamatan Cijeruk Kabupaten Bogor yaitu Desa Mulyaharja digabungkan atau dimutasi ke Kota Bogor bersamaan dengan Desa Pamoyanan dan Desa Ranggamekar, maka SMP PGRI Mulyaharja pada bulan Agustus 1996 di pindah ke Kp. Pondok Bitung, Gg Ace RT 001/001 Desa Sukaharja Kecamatan Cijeruk Kabupaten Bogor dengan tanah dan gedung milik sendiri.