SMP PGRI Mulyaharja mengembangkan sistem pembelajaran full days school di mana peserta didik belajar selama 5 hari (Senin-Jum'at) mulai pukul 07.30-15.00.
Pembiasaan yang dilaksanakan oleh peserta didik di antaranya adalah sholat dhuha berjama'ah, tadarus, ceramah, dan sholat zuhur berjama'ah. (yj)