Kegiatan pembelajaran SMP NU Garum menerapkan Kurikulum Nasional dan Pondok Pesantren. Kurikulum Nasional diterapkan dalam pembelajaran formal yang memuat mata pelajaran umum sepertiĀ Pendidikan Agama Islam dan Budi Pekerti, Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, IPS, PPKn, Bahasa Inggris, PJOK, Seni Budaya, Informatika, Aswaja, dan Bahasa Jawa.
Program unggulan Madin dan Tahfidz di SMP NU Garum berlandaskan Kurikulum yang diterapkan di Pondok pesantren. SMP NU Garum juga menyediakan kelas Qur'an khusus peserta didik yang belum lancar membaca Al-Qur'an. Pembelajaran Madin dan Tahfidz merupakan kelas pilihan dimana peserta didik dapat memilih antara kedua program tersebut.
Dalam pembelajaran Madin, Kitab yang dipelajari diantaranya: Kitab Jurumiyah, Awamil, Risalah Shorfiyah, Fiqhul Mubtadi, Safinatun Najah, Aqidatul Awam, Aqidatul Islamiyah, Jawahirul Kalamiyah, Taisirul Kholaq.
Dalam pembelajaran Tahfidz, SMP NU Garum juga mengajarkan pembelajaran Fiqih.