Mengacu pada Permendiknas No. 24 Tahun 2007 tentang standar Sarana dan Prasarana, SMPK Santo Fransiskus Xaverius_Tarakan secara bertahap masih terus meingkatkan dan melengkapi kebutuhan baik dalam bentuk sarana fisik untuk kelengkapan kelas maupun sarana untuk mendukung dan meningkatkan kualitas pelaksanaan KBM, seperti buku pegangan siswa dan pegangan guru, sarana LCD dan komputer, peralatan olah raga, sarana life skill maupun alat peraga dan sumber belajar lainnya, yang diperlukan untuk menunjang proses pembelajaran yang teratur dan berkelanjutan.
Adapun SMPK Santo Fransiskus Xaverius memiliki bangunan gedung sekolah permanen dua lantai/tingkat yang terdiri dari :
9 ruang kelas
1 ruang kepala sekolah
1 ruang administrasi
1 ruang laboratorium IPA
1 ruang OSIS
1 ruang gudang
1 ruang guru
1 ruang laboratorium komputer
1 ruang perpustakaan
7 toilet siswa
2 toilet guru
1 toilet kepala sekolah
1 lapangan
Ruang Kepala Sekolah
Gedung Sekolah
Ruang Administrasi
Ruang Guru
Lab. Komputer
Ruang Aula
dan Musik Band
Ruang Kelas