Принимал участие в кампании по выборам президента Республики Беларусь в 2001 году.
Летом 2004 года трое депутатов из этой группы «Республика» (Сергей Скребец, Владимир Парфенович и генерал Валерий Фролов), провели многонедельную голодовку против отказа руководства Палаты Представителей вынести на рассмотрение в Овальный зал подготовленные ими поправки в избирательное законодательство, направленные на его демократизацию. Многие эксперты считают последующий арест Скребца «политически мотивированным», как месть властей за чрезмерно активную деятельность во время депутатства.
В отношении Скребца было возбуждено уголовное дело по подозрению в организации преступной группы. Был задержан в мае 2005 года. В отношении бывшего депутата прокуратура возбудила уголовное дело по двум статьям Уголовного кодекса: ст. 13 ч. 1 (приготовление к преступлению) и ст. 431 ч. 2 (приготовление к даче взятки). 13 сентября 2005 года экс-депутату предъявлено ещё одно обвинение — незаконное участие в предпринимательской деятельности. В знак протеста против выдвинутых обвинений Скребец провел четыре голодовки, одна из которых длилась 40 дней. Все обвинения практически развалились в результате судебных слушаний.
В декабре 2005 года ЦИК зарегистрировала инициативную группу по сбору подписей за выдвижение кандидатом в президенты Сергея Скребца. Её возглавил родной брат политика Александр Скребец. Сам Скребец в это время находился в СИЗО Минского горисполкома № 1. В конце января 2006 года снимает свою кандидатуру в пользу другого претендента — экс-ректора Белорусского государственного университета Александра Козулина.
14 февраля 2006 года Сергей Скребец был осужден на два с половиной года лишения свободы. К Сергею Скребцу была применена амнистия, в связи с которой срок наказания сокращён на год. Вышел на свободу 15 ноября 2006 после полутора лет заключения. За время заключения Сергей Скребец потерял 30 килограмм веса.
В феврале 2007 года объявил о намерении создать новое молодёжное демократическое движение, провести учредительную конференцию нового оппозиционного молодёжного движения имени Кастуся Калиновского.
15 апреля 2007 года на шестом отчетно-выборном съезде Белорусской Социал-демократической Громады был избран в Центральную Раду и Исполнительный комитет партии Белорусская Социал-демократическая Громада, возглавляемой Станиславом Шушкевичем.
В августе 2007 года возглавил Минскую городскую организацию Белорусской Социал-демократической Громады.
С июля 2008 года был избран первым заместителем председателя партии Белорусская Социал-демократическая Громада.
С марта 2009 года является Председателем Центрального ОргКомитета БСДП (С) Белорусская Социал-демократическая партия «Свобода».