Islam mulai berkembang dengan pesat di Kesultanan Brunai sejak Syarif Ali diangkat menjadi Sultan ke-3 Brunai pada tahun 1425. Sultan Syarif Ali adalah seorang Ahlul Bait dari keturunan cucu Rasulullah SAW, Hasan, sebagaimana tercantum dalam Batu Tarsilah atau Prasasti dari abad ke-18 M yang terdapat di Bandar Sri Begawan, ibu kota Brunai Darussalam. Selanjutnya, agama Islam di Brunai Darussalam terus berkembang pesat. Sejak Malaka yang dikenal sebagai pusat penyebaran dan kebudayaan Islam jatuh ke tangan Portugis tahun 1511, banyak ahli agama Islam yang pindah ke Brunai. Masuknya para ahli agama membuat perkembangan Islam semakin cepat menyebar ke masyarakat.
Kemajuan dan perkembangan Islam semakin nyata pada masa pemerintahan Sultan Bolkiah (sultan ke-5) yang wilayahnya meliputi Suluk, Selandung, Kepulauan Sulu, Kepulauan Balabac, Pulau Banggi, Pulau Balambangan, Matanani, dan utara Pulau Palawan. Di masa Sultan Hassan (sultan ke-9), masyarakat Muslim Brunai memiliki institusi-institusi pemerintahan agama. Agama pada saat itu dianggap memiliki peran penting dalam memandu negara Brunai ke arah kesejahteraan. Pada saat pemerintahan Sultan Hassan ini, undang-undang Islam, yaitu Hukum Qanun yang terdiri atas 46 pasal dan 6 bagian, diperkuat sebagai undang-undang dasar negara.
Di samping itu, Sultan Hassan juga telah melakukan usaha penyempurnaan pemerintahan, antara lain dengan membentuk Majelis Agama Islam atas dasar Undang-Undang Agama dan Mahkamah Qadhi tahun 1955. Majelis ini bertugas memberikan dan menasihati sultan dalam masalah agama dan ideologi negara. Untuk itu, dibentuk Jabatan Hal Ehwal Agama yang tugasnya menyebarluaskan paham Islam, baik kepada pemerintah beserta aparatnya maupun kepada masyarakat luas.
Brunai merdeka sebagai negara Islam di bawah pimpinan sultan ke-29, yaitu Sultan Hassanal Bolkiah Mu’izzuddin wad Daulah. Panggilan resmi kenegaraan sultan adalah Yang Maha Mulia Paduka Sri Baginda. Gelar Mu’izzuddin wad Daulah (penata agama dan negara) menunjukkan ciri keislaman yang selalu melekat pada setiap raja yang memerintah.