Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 178 Tahun 2014 tentang Badan Keamanan Laut, Bakamla dipimpin oleh Kepala Bakamla yang mempunyai tugas melakukan patroli keamanan dan keselamatan di wilayah perairan Indonesia dan wilayah yurisdiksi Indonesia.
Bakamla terdiri atas:
Kepala;
Sekretaris Utama;
Deputi Bidang Kebijakan dan Strategi;
Deputi Bidang Operasi dan Latihan; dan
Deputi Bidang Informasi, Hukum dan Kerjasama.