Seksi Bank mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana, penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D), fungsi pengelolaan kas (cash management), penerbitan Daftar Tagihan, pengelolaan rekening pemerintah, penatausahaan penerimaan negara, penyelesaian retur, pengujian permintaan pengembalian penerimaan negara, konfirmasi dan koreksi data transaksi penerimaan, fungsi layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara, monitoring dan evaluasi · bank/pos persepsi, pengelolaan dokumen sumber dart analisis data Penerimaan Fihak Ketiga (PFK), pembillaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP), supervisi implementasi sistem pengelolaan kas (Cash Management System) pada rekening bendahara, serta monitoring dan evaluasi kredit program.