Unit Pelaksana Teknis Badan POM (UPT Badan POM) merupakan satuan kerja bersifat mandiri yang melaksanakan tugas teknis operasional tertentu dan/atau tugas teknis penunjang tertentu di bidang pengawasan Obat dan Makanan. Regulasi mengenai UPT Badan POM yang telah mengalami beberapa kali perubahan, yang bermula dari Keputusan Kepala Badan POM nomor 05018 / KBPOM / 2001 tahun 2001, Peraturan Kepala Badan POM nomor 14 tahun 2014, Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Republik Indonesia Nomor 29 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Nomor 12 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pengawas Obat dan Makanan, berikutnya Peraturan Badan POM No. 23 Tahun 2021 yang mengubah Peraturan Nomor 22 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pengawas Obat dan Makanan, dan yang terakhir Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Nomor 24 Tahun 2022 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Badan Pengawas Obat dan Makanan Nomor 22 Tahun 2020 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Badan Pengawas Obat dan Makanan.

Unit Pelaksana Teknis Badan POM berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan, yang secara teknis dibina oleh Deputi sesuai bidang tugasnya dan secara administratif dibina oleh Sekretaris Utama. Dalam Peraturan ini ditetapkan bahwa klasifikasi Unit Pelaksana Teknis (UPT) BPOM terdiri atas : Balai Besar POM, Balai POM, dan Loka POM. Badan POM memiliki 1 (satu) Unit Pelaksana Teknis Pengawas Obat dan Makanan di Provinsi Papua Barat yaitu Balai Pengawas Obat dan Makanan di Manokwari.