Workshop on "Development and application of large-scale simulation-based inferences for biomolecules"
November 28, 2025, Nakano campus, Meiji University
ワークショップ「生体分子シミュレータを基にした大規模推論システムの開発と応用」
2025年11月28日 明治大学(中野キャンパス)
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General Information (趣旨)
In the MEXT "Program for Promoting Researches on the Supercomputer Fugaku" project titled "Development and application of large-scale simulation-based inferences for biomolecules", our goal is to create a novel structural inference system. We aim to achieve this by highly integrating molecular dynamics simulations with Bayesian inference, machine learning, and AI, leveraging the immense computational power of the supercomputer "Fugaku". By integrating large-scale simulation data with experimental data—such as High-Speed Atomic Force Microscopy (HS-AFM), Cryo-Electron Microscopy (Cryo-EM), and genomic structure measurements—this project strives to elucidate biological phenomena that were previously difficult to capture, including the dynamics of Intrinsically Disordered Proteins (IDPs), the 3D organization of the genome, and the structural ensembles of large macromolecular complexes.
In this workshop, we will report the latest achievements of this project. Furthermore, based on these results, we will discuss the future outlook of "Integrative Modeling," where experimental measurement, computational science, and AI collaborate to advance structural life sciences in the era of "Fugaku".
文部科学省「富岳」成果創出加速プログラム 標準課題「生体分子シミュレータを基にした大規模推論システムの開発と応用」では、スーパーコンピュータ「富岳」の計算能力を活用し、分子動力学シミュレーションとベイズ推論・機械学習・AIを高度に融合させた、新たな構造推論システムの開発を目標としています。 本課題では、高速原子間力顕微鏡（HS-AFM）、クライオ電子顕微鏡、ゲノム構造計測などの実験データと大規模シミュレーションを統合することで、天然変性タンパク質の動態、ゲノムの3次元構造、巨大複合体の構造アンサンブルといった、従来の手法では捉えきれなかった生命現象の解明に取り組んでいます。
今回のワークショップでは、本課題で得られた最新の成果を報告し、それを踏まえて、「富岳」時代における「実験計測」と「計算科学」、そして「AI」が連携した次世代の統合モデリングの展望について議論します。
Venue (場所)
3F 304 (High-Rise Wing), Nakano Compus, Meiji University
Nakano campus: https://www.meiji.ac.jp/cip/english/about/campus/nakano.html
Campus map: https://www.meiji.ac.jp/cip/english/about/campus/na_campus.html
High-Rise Wing 3F: https://www.meiji.ac.jp/koho/campus_guide/nakano/6t5h7p00000eqbr5-img/map_3f_1.gif
明治大学 中野キャンパス High-Rise Wing 建物 3階 304教室
中野キャンパス: https://www.meiji.ac.jp/cip/english/about/campus/nakano.html
キャンパスマップ: https://www.meiji.ac.jp/cip/english/about/campus/na_campus.html
High-Rise Wing 3階: https://www.meiji.ac.jp/koho/campus_guide/nakano/6t5h7p00000eqbr5-img/map_3f_1.gif
Registration (参加登録)
Fee: Free
Registration: No advance registration required. Please register on-site.
参加費：無料
参加登録：事前参加登録不要です。当日会場で受付をお済ませください。
Invited speaker (招待講演者)
Prof. Sumino Ayumi (Kyoto Univ)
角野 歩 先生 (京都大学)
Organizers:
Yasuhiro Matsunaga (Saitama Unviersity / RIKEN R-CCS)
松永 康佑 (埼玉大学 / 理化学研究所計算科学研究センター)Chigusa Kobayashi (RIKEN R-CCS)
小林 千草 (理化学研究所計算科学研究センター)
Sponsors:
MEXT “Program for Promoting Researches on the Supercomputer Fugaku” (Development and application of large-scale simulation-based inferences for biomolecules JPMXP1020230119)
文部科学省スーパーコンピュータ「富岳」成果創出加速プログラム 標準課題「生体分子シミュレータを基にした大規模推論システムの開発と応用」(JPMXP1020230119)
Contact:
Yasuhiro Matsunaga
ymatsunaga@mail.saitama-u.ac.jp
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