Ekoregion adalah wilayah geografis yang memiliki kesamaan ciri iklim, tanah, air, flora, dan fauna asli, serta pola interaksi manusia dengan alam yang menggambarkan integritas sistem alam dan lingkungan hidup.
Sesuai dengan Pasal 7 ayat (2) Undang‐Undang 32 Tahun 2009 tentang Perlindungan dan Pengelolaan Lingkungan Hidup, dinyatakan bahwa penetapan wilayah ekoregion dilaksanakan dengan mempertimbangkan kesamaan:
a) karakteristik bentang alam;
b) daerah Aliran Sungai;
c) iklim;
d) flora dan fauna;
e) sosial budaya;
f) ekonomi;
g) kelembagaan masyarakat; dan
h) hasil inventarisasi lingkungan hidup.
Wilayah Ekoregion Indonesia yang terdiri dari Wilayah Ekoregion Pulau Kepulauan dan Wilayah Ekoregion Laut ditetapkan oleh Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan dengan Surat Keputusan Nomor SK.08/MENLHK/SETJEN/PLA.3/1/2018. Dalam surat keputusan tersebut wilayah ekoregion darat pada Pulau Kepulauan terbagi ke dalam 177 Kompleks Ekoregion dan kawasan laut Indonesia terbagi ke dalam 18 Wilayah Ekoregion Laut, dengan rincian sebagai berikut:
A. Wilayah Ekoregion Pulau Kepulauan
Pulau Sumatera : 22 Kompleks Ekoregion
Pulau Jawa : 36 Kompleks Ekoregion
Pulau Kalimantan : 21 Kompleks Ekoregion
Pulau Sulawesi : 25 Kompleks Ekoregion
Pulau Bali dan Kepulauan Nusa Tenggara : 29 Kompleks Ekoregion
Kepulauan Maluku : 23 Kompleks Ekoregion
Pulau Papua : 21 Kompleks Ekoregion
(Detil wilayah ekoregion darat terdapat dalam Lampiran III SK.08/MENLHK/SETJEN/PLA.3/1/2018)
21 Wilayah ekoregion yang terdapat di Pulau Papua yaitu:
Ekoregion Kompleks Dataran Pantai Sungai Bian – Sungai Kumbe
Ekoregion Kompleks Dataran Fluvial Sungai Maberamo – Foja
Ekoregion Kompleks Dataran Fluvial Lereh – Senggi
Ekoregion Kompleks Dataran Gambut Sungai Wakamba – Sungai Warembori
Ekoregion Kompleks Dataran Gambut Sugai Fakuja – Sungai Foli
Ekoregion Kompleks Dataran Gambut Sungai Kuis – Sungai Bapai
Ekoregion Kompleks Dataran Gambut Sungai Siriwo – Sungai Poronai
Ekoregion Kompleks Dataran Organik/Koral Pulau Misool – Pulau Kofiau
Ekoregion Kompleks Dataran Struktural Pulau Salawati – Batanta Barat
Ekoregion Kompleks Dataran Struktural Teluk Bintuni
Ekoregion Kompleks Pegunungan Struktural Tamrau
Ekoregion Kompleks Pegunungan Glasial Puncak Jaya
Ekoregion Kompleks Pegunungan Struktural Pulau Batanta
Ekoregion Kompleks Pegunungan Struktural Pulau Waigeo
Ekoregion Kompleks Pegunungan Struktural Tengah Papua
Ekoregion Kompleks Perbukitan Struktural Kepulauan Yapen
Ekoregion Kompleks Perbukitan Karst Biak Numfor
Ekoregion Kompleks Perbukitan Karst Pulau Misol
Ekoregion Kompleks Perbukitan Karst Sorong - Teluk Bintuni
Ekoregion Kompleks Perbukitan Struktural Jalur Jayawijaya
Ekoregion Kompleks Perbukitan Struktural Sungai Mamberamo- Foja
B. Wilayah Ekoregion Laut
(Detil wilayah ekoregion laut terdapat dalam Lampiran I SK.08/MENLHK/SETJEN/PLA.3/1/2018)
Pulau Papua dikelilingi oleh 4 (empat) wilayah ekoregion laut yaitu :
Samudera Pasifik Sebelah Utara Papua (459.857 km2)
Laut Seram dan Teluk Bintuni (140.040 km2)
Teluk Cenderawasih (93.369 km2)
Laut Arafuru (326.793 km2)
Sebaran Ekosistem di Pulau Papua
Berdasarkan hasil pendetilan, ekosistem Pulau Papua terdiri dari 166 ekosistem yang tersebar di seluruh Pulau Papua. Dari 166 ekosistem tersebut, setidaknya terdapat 3 ekosistem dominan yang terdapat di Pulau Papua, yaitu :
Pegunungan struktural lipatan bermaterial batuan metamorf bervegetasi hutan batuan ultrabasa pamah.
Pegunungan denudasional bermaterial campuran batuan beku luar dan piroklastik bervegetasi hutan pamah (non dipterokarpa).
Dataran struktural bermaterial batuan sedimen karbonat bervegetasi hutan batugamping pamah.