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位於台灣新北市八里左岸，於1998年興建，2003年4月24日正式開館。為台灣第一座市立考古博物館，設立目的為保存及推廣十三行遺址的史前文化。舊名十三行遺址文物陳列館，1998年改名臺北縣立十三行博物館，1957年，十三行遺址被勘查後定名並登錄為二級國定古蹟。1989年，因八里污水處理廠將興建於十三行遺址上，引起各方搶救十三行遺址；搶救計畫由1991年7月第五次發掘開始，1990年第三次發掘、1988年的第二次發掘為考古研究計畫。1992年由行政院文化建設委員會（今文化部）勘定後，確定遺址保存面積為3136.9平方公尺，其餘面積則興建污水廠。1995年行政院會議決議由污水廠撥地成立十三行遺址文物陳列館，1998年更名為臺北縣立十三行博物館後正式動工興建，2003年4月24日正式開館。