Selo Ponikve nalaze se u sjeverno – istočnom dijelu Stare Hercegovine, katastarski pripadaju opštini Čajniče, Republika Srpska, na samoj su graničnoj liniji sa Crnom Gorom koja obuhvata selo sa tri strane, a nedaleko je i tromeđa Crne Gore, Srbije i Bosne i Hercegovine. Ponikve su automobilskim putem od Čajniča udaljene desetak kilometara.
Bregovita visoravan Ponikava, koja se pruža pravcem sjeveroistok – jugozapad okružena je visokim brdima; sa sjeverne strane Trojan iznad koga je Stražica (1433 m), Samar te brda sa Ravnom Lijeskom., sa istoka je Vragolija i Stražbenica (1533 m) kao najviši vrh planine Kovač koja se nalazi u Crnoj Gori., jugoistočnu stranu sela okružuju šumoviti tereni Vrela i Grebena, Kragujevac, Zidine (najviša kota u selu 1268 m) i Vreoci. Teren Ponikava pada prema jugu odn. jugozapadu do Bukovice u Crnoj Gori, a sa zapadne strane je šumovita Beša, Rogotina, Debelo Brdo, Crvena stijena i kanjon Crne rijeke (najniža kota 840 m). Od Ponikava daleko prema jugu su visoke planine: Ljubišnja, Volujak i Maglić.
Geološki sastav tla čine, uglavnom, stare taložne stijene i škriljci sa područjima krečnjačkih stijena. Klima je planinska; ljeta su svježa i kratka, a zime duge i hladne.
Hidrografiju sela karakteriše obilje vode; izvor Crne rijeke, potoci iz Vrela, Kragujevca i Dolova, izvori u Trojanu, Rogotini, Sandžina voda, Ćurkovac, Dobra voda u Grebenu, Kojova voda u Vrelima, Javorik i Kragujevac, Čairluk, Zidine, Savina voda, Česmica, Janjić, Veselica, Stublić i njegov potok i mnogo, mnogo drugih, te stubline (kod Ćevriza „ispod međe“ svaka kuća ima svoju stublinu). Karakteristika vodenih tokova je da svi uviru u ataru sela i orjentaciono od njih nastaje Crna rijeka čiji je izvor ispod Kođe stijene u Sastavcima, a manje je vjerovatno da od tih voda nastaje izvor Vrelo u Čajniču.
Biljni i životinjski svijet vrlo je bogat i raznovrsan. Selo je u okruženju šuma; uglavnom četinarima jele i omore, bora, smreke., listopadnih šuma ima manje, uglavnom u Ćevriskim stranama; hrasta, bukve, jasena, gloga, šipka, jasike, drijena, lijeske, lipe, kruške, zukve, sada već mnogo manje breze i dr., a navesti vrste trava je nemoguće, a njihova brojnost naročito je izražena u proljeće i ljeto. Takođe ima dosta ljekovitih trava (kantarion, sporiš, srčanik, čubor, preslica) i gljiva (vrganj, smrčak i lisičarka).
Životinjski svijet je bogat i stanište je: srne, zeca, divlje svinje, vjeverice, kune, jazavca i zvijeri: vuka, lisice, medvjeda i dr., zmija; poskoka i šarke, bjelouške. Ptičiji svijet je raznovrstan i mogu se čuti i vidjeti: vrapci, sjenice, žutice, vrane, kreje, laste golub, svraka, jasteb, orao, gavran i dr., a domaće životinje su: ovce, goveda, psi, konji, svinje, kokoške i dr.