Gerakan 3A dibubarkan pada akhir tahun 1942, setelah mengalami berbagai tantangan dan kegagalan. Moh Hatta dalam memoir (1979) menuturkan gerakan 3A umumnya dibenci orang, karena gerakan ini lebih banyak "menggolong" daripada "menolong". Beberapa faktor penyebab pembubaran ini meliputi:
1. Kesenjangan antara Propaganda dan Realitas
Terdapat kesenjangan besar antara janji-janji propaganda dengan realitas pendudukan Jepang:
Janji kemerdekaan tidak terwujud, dan pemerintahan militer yang keras diterapkan.
Eksploitasi ekonomi dan kerja paksa (romusha) membuat masyarakat semakin menderita.
Pendudukan Jepang yang semakin keras mengurangi kredibilitas Gerakan 3A:
3. Kurangnya Dukungan dari Tokoh Nasionalis
Banyak tokoh nasionalis terkemuka tidak memberikan dukungan penuh kepada Gerakan 3A seperti Soekarno dan Hatta bersikap hati-hati dan memilih tidak terlibat secara langsung.
4. Ketidakefektifan Struktur Organisasi
Struktur organisasi Gerakan 3A terlalu tergantung pada kontrol Jepang, sehingga kurang efektif. Pengambilan keputusan bersifat terpusat yang menyebabkan pembatasan inisiatif lokal.
5. Perubahan Strategi Jepang
Jepang mulai menyadari bahwa pendekatan propaganda tidak cukup untuk memobilisasi dukungan sehingga fokus beralih ke pembentukan organisasi-organisasi baru seperti PETA (Pembela Tanah Air).
Pembubaran ini menciptakan kekosongan dalam struktur propaganda Jepang, menandai perubahan strategi mereka dalam mengelola wilayah pendudukan di Indonesia. Hal ini juga membuka jalan bagi pembentukan organisasi-organisasi baru yang lebih berorientasi pada upaya perang serta meningkatkan skeptisisme masyarakat terhadap janji-janji Jepang