A atuação da UNESP na Baixada Santista foi uma decisão interna da Universidade, a partir de um projeto elaborado por um grupo de docentes. A proposta de criação de uma Unidade Universitária nesta região iniciou-se em 1988 como um Projeto Especial da Reitoria, com recursos orçamentários da própria UNESP e evoluiu para sua institucionalização em fevereiro de 1994, na forma de Unidade Complementar. Nasce, então, o CEPEL - Centro de Ensino e Pesquisa do Litoral Paulista.

A criação do CEPEL, no município de São Vicente, constituiu-se na primeira experiência de atuação de uma universidade pública na Baixada Santista. Contando com uma sede inaugurada em 1993 e quadro de pessoal próprio, o CEPEL dedicou-se a atuar de maneira mais consistente na área de Educação (formação permanente de professores e educação ambiental), Saúde Pública (cursos de atualização) e apoio às atividades dos docentes das demais Unidades Universitárias da UNESP que desenvolviam projetos na região.

Posteriormente, por decisão do Conselho Universitário da UNESP, através da Resolução n° 25/99, o CEPEL deixou de ser uma Unidade Complementar e foi guindado à condição de Campus Universitário, aprofundando e ampliando sua presença na região.

No ano de 2001, dentro do programa criado para aumentar o número de vagas disponíveis nos cursos de graduação do ensino público superior, foi aprovada pelo Conselho Universitário da UNESP a implantação do Curso de Ciências Biológicas - Bacharelado com Habilitações em Biologia Marinha e Gerenciamento Costeiro - no Campus do Litoral Paulista (CLP/SV). Este foi o primeiro curso de graduação de uma Universidade Pública implantado na região da Baixada Santista.

O curso teve início no ano de 2002, com 40 vagas, no período diurno, e é um dos mais procurados entre os cursos de Ciências Biológicas oferecidos pela UNESP.

Em 2006, atendendo a numerosas solicitações, e de acordo com a política do governo estadual de promover maior incremento do ensino superior público, a UNESP novamente expande seu raio de ação e cria os Campus Experimentais. O Campus do Litoral Paulista - Unidade São Vicente (CLP/SV) passa a ser denominado Campus Experimental do Litoral Paulista (CLP), compondo junto com Dracena, Itapeva, Ourinhos, Registro, Rosana, Sorocaba e Tupã, as Universidades Experimentais.

A inauguração da Central de Laboratórios I, em 2011, impulsionou a pesquisa no CLP e, para sistematizá-la, foram consolidadas as quatro linhas de pesquisa: (1) Bioquímica, biologia molecular e moléculas biologicamente ativas; (2) Biologia de organismos aquáticos, ripários e costeiros; (3) Biologia populacional, pesqueira e aquicultura sustentável e (4) Processos ecossistêmicos e gestão de ecossistemas aquáticos.

Em 2012, dentro do programa de expansão de vagas proposto pela Pró-Reitoria de Graduação, foi implantado o curso de Ciências Biológicas - Licenciatura, com 40 vagas no período noturno, que teve início em 2013. Em 2015, o Campus do Litoral Paulista foi consolidado, deixando de ser uma Unidade Experimental e tornando-se o Instituto de Biociências (IB). Com isso, o Campus passa a apresentar elevado potencial de crescimento através do estabelecimento de novas parcerias com Secretarias de Estado, Instituições Governamentais, ONGs, e com outras Unidades da Unesp.