論文
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10. “An explainable deep learning platform for molecular discovery.”
Wong F, Omori S, Li A, Krishnan A, Lach RS, Rufo J, Wilson MZ, Collins JJ. Nat Protoc. 2024 Dec 9.9. “Deep generative design of RNA aptamers using structural predictions.”
Wong F, He D, Krishnan A, Hong L, Wang AZ, Wang J, Hu Z, Omori S, Li A, Rao J, Yu Q, Jin W, Zhang T, Ilia K, Chen JX, Zheng S, King I, Li Y, Collins JJ. Nat Comput Sci. 2024 Nov;4(11):829-839.Meguro S, Johmura Y, Wang TW, Kawakami S, Tanimoto S, Omori S, Okamura TY, Hoshi S, Kayama E, Yamaguchi K, Hatakeyama S, Yamazaki S, Shimizu E, Imoto S, Furukawa Y, Kojima Y, Nakanishi M. Nature Aging. 2024 Sep;7. “Discovery of a structural class of antibiotics with explainable deep learning.”
Wong F, Zheng EJ, Valeri JA, Donghia NM, Anahtar MN, Omori S, Li A, Cubillos-Ruiz A, Krishnan A, Jin W, Manson AL, Friedrichs J, Helbig R, Hajian B, Fiejtek DK, Wagner FF, Soutter HH, Earl AM, Stokes JM, Renner LD, Collins JJ. Nature. 2024 Feb;626(7997):177-185.6. “Discovering small-molecule senolytics with deep neural networks.”
Wong F*, Omori S*, Donghia NM, Zheng EJ, Collins JJ.Nat Aging. 2023 Jun;3(6):734-750.4. “Blocking PD-L1-PD-1 improves senescence surveillance and ageing phenotypes.”
Wang TW, Johmura Y, Suzuki N, Omori S, Migita T, Yamaguchi K, Hatakeyama S, Yamazaki S, Shimizu E, Imoto S, Furukawa Y, Yoshimura A, Nakanishi M. Nature. 2022 Nov;611(7935):358-364.3. “Senolysis by glutaminolysis inhibition ameliorates various age-associated disorders.”
Johmura Y, Yamanaka T, Omori S, Wang TW, Sugiura Y, Matsumoto M, Suzuki N, Kumamoto S, Yamaguchi K, Hatakeyama S, Takami T, Yamaguchi R, Shimizu E, Ikeda K, Okahashi N, Mikawa R, Suematsu M, Arita M, Sugimoto M, Nakayama KI, Furukawa Y, Imoto S, Nakanishi M. Science. 2021 Jan 15;371(6526):265-270.1. “Generation of a p16 Reporter Mouse and Its Use to Characterize and Target p16high Cells In Vivo.”
Omori S, Wang TW, Johmura Y, Kanai T, Nakano Y, Kido T, Susaki EA, Nakajima T, Shichino S, Ueha S, Ozawa M, Yokote K, Kumamoto S, Nishiyama A, Sakamoto T, Yamaguchi K, Hatakeyama S, Shimizu E, Katayama K, Yamada Y, Yamazaki S, Iwasaki K, Miyoshi C, Funato H, Yanagisawa M, Ueno H, Imoto S, Furukawa Y, Yoshida N, Matsushima K, Ueda HR, Miyajima A, Nakanishi M. Cell Metab. 2020 Nov 3;32(5):814-828.e6.7. Machine Learning in Drug Discovery Symposium, アメリカ合衆国, 2022年, ポスター
“Discovering senolytics with deep learning”6. 第44回日本分子生物学会年会, 日本, 2021年, ポスター & 口頭
“皮膚創傷治癒におけるp16陽性細胞の一細胞解析”
5. 47th IMSUT Founding Commemorative Symposium, 日本, 2020年, 口頭
“Generation of a p16 reporter mouse and its use to characterize and target p16high cells in vivo”4. International Symposium on Inflammation Cellular Sociology, 日本, 2019年, ポスター
“Cell cycle phase-specific p53 activation induces cellular senescence and exacerbates aging in vivo”3. International Cell Senescence Association, ギリシャ, 2019年, ポスター & 口頭
“Characterization of cellular senescence in vivo at a single cell resolution”2. 第42回日本分子生物学会年会, 日本, 2019年, ポスター
“細胞周期特異的p53活性化による細胞老化誘導促進は個体老化を進行させる”
1. 平成 31 年度東京大学生命科学シンポジウム, 日本, 2019年, ポスター
“老化細胞の生存維持及び増殖制御機構の解明”
7. “老化細胞除去による老化形質の改善”
大森徳貴・城村由和, 炎症と免疫. 2022年
6. “生体内の細胞老化の解析から個体老化の分子基盤を理解する”
大森徳貴・城村由和・中西真, 生化学誌 . 2021年
5. “個体内でp16陽性老化細胞を解析可能なマウスモデルの作製”
大森徳貴・城村由和・中西真, 実験医学. 2021年
4. “p16レポーターマウスの展望”
大森徳貴・王德瑋・城村由和・中西真, 臨床免疫・アレルギー科. 2021年
3. “体内に存在する老化細胞の同定とその動態の解析”
城村由和・大森徳貴・王德瑋・中西真, 糖尿病学2021. 2021年
2. “SASPによる慢性炎症とその制御”
大森徳貴・城村由和, 分子呼吸器病. 2020年
1. “細胞老化維持機構と創薬”
城村由和・大森徳貴・中西真, 実験医学. 2019年