โรงเรียนสารบรรณ กรมสารบรรณทหารเรือ จัดอยู่ในส่วนการศึกษาที่สี่ สถานศึกษาอาชีพเฉพาะอย่าง โดยมีกรมยุทธศึกษาทหารเรือ เป็นหน่วยควบคุมการศึกษา ตามระเบียบกองทัพเรือว่าด้วยการศึกษา พุทธศักราช ๒๕๓๐ และที่แก้ไขเพิ่มเติม ในการจัดหน่วย โรงเรียนสารบรรณ กรมสารบรรณทหารเรือ มีหน่วยขึ้นตรง ดังนี้
ส่วนบังคับบัญชา มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับงานสารบรรณ งานธุรการและบัญชีพล ดำเนินการเกี่ยวกับการส่งตัวกลับเมื่อเสร็จสิ้นการอบรม ทำหน้าที่นายทหารการเงินและเป็นนายทหารงบประมาณ ตลอดจนกำกับดูแลการปฏิบัติงานของโรงเรียน
แผนกปกครอง มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการปกครองบังคับบัญชา การประเมินคุณลักษณะและความสามารถของนักเรียนหลักสูตรต่าง ๆ การทะเบียนประวัติ และงานพิธีต่าง ๆ
แผนกศึกษา มีหน้าที่วางแผน ควบคุม และดำเนินการให้การศึกษาฝึกหัด และอบรมแก่นักเรียนให้เป็นไปตามหลักสูตรที่กำหนดไว้ ค้นคว้าปรับปรุงหลักสูตรการสอนให้ทันสมัย ดำเนินการเกี่ยวกับแผนการศึกษาและความต้องการสนับสนุนการศึกษา
แผนกบริการ มีหน้าที่เกี่ยวกับการบริหาร การสนับสนุนภารกิจโรงเรียน การพลาธิการ การโยธา การซ่อมบำรุง และการบริการอื่น ๆ