Balai Kawasan Konservasi Perairan Nasional(BKKPN) merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang Kawasan Konservasi Perairan Nasional yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kelautan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil, Departemen Kelautan dan Perikanan. Yang saat ini berganti nomenklatur menjadi Direktorat Jenderal Pengelolaan Ruang Laut (Ditjen. PRL), Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP). Sesuai dengan Peraturan Presiden No. 63 Tahun 2015 tentang Kementerian Kelautan dan Perikanan
BKKPN mulai beroperasi pada tanggal 11 Maret 2008 dan dikepalai oleh seorang pejabat setara Eselon IIIa. Wilayah kerja Balai KKPN Kupang meliputi Kawasan Konservasi Perairan Nasional wilayah Indonesia Timur ( Sulawesi Tenggara, Sulawesi Barat, Sulawesi Tengah, Sulawesi Selatan, Gorontalo, Nusa Tenggara Timur, Nusa Tenggara Barat, Maluku, Maluku Utara, Papua, Papua Barat ) sesuai dengan Permen KP Nomor PER.24/MEN/2011.