Suaka Alam Perairan (SAP) Kepulauan Raja Ampat Dan Laut Sekitarnya di Provinsi Papua Barat dikenal memiliki tingkat keanekaragaman hayati dan endimisitas sumber daya pesisir dan laut yang tinggi. Para ahli kelautan menyatakan bahwa wilayah Suaka Alam Perairan (SAP) Kepulauan Raja Ampat Dan Laut Sekitarnya di Provinsi Papua Barat memiliki tingkat keaneragaman hayati yang paling tinggi dunia. Kabupaten Raja Ampat sendiri memiliki setidaknya 1.318 jenis ikan karang (Allen dan Erdmann, 2009) dan 533 jenis karang keras (Turak dan Devantier, 2008).
SAP Kepulauan Raja Ampat diketahui tipe terumbu karang yang ditemukan terdiri dari karang tepi (fringing reef ) dan karang gosong (patch reef) dengan kontur landai hingga curam (drop off ). Rata-rata penutupan karang hidup di SAP Kepulauan Raja Ampat yaitu 40,28% di tahun 2021.
Jumlah jenis ikan indikator di perairan terumbu karang SAP Raja Ampat relatif tinggi dengan jumlah 21 jenis dari 3 (tiga) marga yakni Chaetodon, Coradion dan Heniochus dengan kelimpahan individu total seluruh stasiun/350 m2 sebanyak 386 individu. Total biomasa ikan target hasil sensus visual sebesar 365,4 kg yang terdiri dari Ikan Herbivora 266,9 kg dan ikan Karnivora 98,5 kg, dengan ukuran umumnya sedang (20 - 30 cm).
Hasil monitoring kondisi megabenthos di SAP Kepulauan Raja Ampat tercatat 5 jenis megabenthos, yaitu bintang laut, bulu babi, kima, lola dan teripang. Megabenthos paling banyak ditemukan yaitu bintang laut dan kima yang tersebar dibeberapa stasiun pengamatan.
Berdasarkan hasil identifikasi jenis lamun yang dilakukan di tiga stasiun pengamatan, ditemukan delapan jenis lamun diantaranya, Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Cymodocea rotundata, Cymodocea serrrulata, Halodule uninervis , Halodule pinifoli, Halophila ovalis dan Syringodium isoetifolium. Rata-rata penutupan lamun di SAP Kepulauan Raja Ampat yaitu 42,73%.
Ditemukan enam jenis tumbuhan mangrove di SAP Kepulauan Raja Ampat, diantaranya Rhizophora mucronata, Bruguiera gymnorrhiza, Avicennia alba dan Avicennia ofalis. Pada tahun 2021, rata-rata kerapatan mangrove di kawasan ini yaitu 1533,25 Ind/Ha
Pengelolaan KKPN tidak dapat dipisahkan dari peran masyarakat yang hidup didalam dan sekitar Kawasan konservasi. Terdapat 5 kampung yang terdapat di dalam kawasan konservasi SAP Kepulauan Raja Ampat, yaitu Meosmanggara, Mutus, Bianci, Waisilip, dan Manyaifun. Mata pencaharian masyarakat didominasi oleh nelayan.
Monitoring kondisi ekosistem kawasan konservasi di SAP Kepulauan Raja Ampat yang dilakukan oleh Tim Satker Raja Ampat