Cuenta la historia por los Tata Mandones (personas mayores del pueblo) que se le dio el nombre de San Cristóbal en honor al Santo Patrón, quien apareció al pie del cerro de Yucutacuu, lo cual llamó el interés a un anciano que cruzaba cerca del río y dio aviso tanto a las autoridades de este pueblo como el de Yucutacuu. Entrando en discusión de quién le pertenecía dicho santo, los nativos perdieron el derecho de llevárselo por la lejanía y minoría de personas presentes en el cerro. Fueron los de Yucutacuu quienes se llevaron al santo, pero al día siguiente, la imagen regresó al mismo lugar, intentaron cargarlo nuevamente, pero su peso era demasiado y no pudieron trasladarlo. Al enterarse los pobladores de San Cristóbal, fueron al lugar de su aparición, lo levantaron y no hubo ningún impedimento para llevarlo al centro del pueblo donde le construyeron una iglesia de varas. Actualmente este santo se encuentra en la capilla del pueblo.

Enseguida del acomodamiento de la imagen, se le dio nombre a la población, no olvidando que San Cristóbal en la historia religiosa fue un hombre que buscaba servirle al más poderoso y lo encontraría haciendo obras caritativas como lo hizo, transportando gente de un lado del río al otro. Donde de tanta muchedumbre que pasaba le tocó pasar al Cristo con un mundo en la mano. A raíz de este relato la gente nativa del pueblo decide darle el nombre al pueblo, y se buscó una fecha para celebrarlo que fue el 24 de julio dedicado Santiago Apóstol, llevando a cabo carreras de caballos y ofreciendo un banquete a toda la gente que acude a las carreras.

Es de gran interés mencionar, que la fundación de la comunidad no existió como tal, sino que fue una integración de grupos de familias que habitaban alrededor de los cerros. Pero por ser de un grupo mayoritario y por tener los servicios que con el tiempo se fueron desarrollando, fue como estos grupos de familias se acercaban a la mayoría.

Sus primeros habitantes remontan a los años de 1780. Y es que la evangelización en estos tiempos llegaba por la costa oaxaqueña. Pues la iglesia a través del catecismo, motivaba a la gente al bautismo donde el comportamiento de conducta era lo esencial para una comunidad indígena. Pero por la distancia resultaba difícil llegar a la comunidad a dar los sermones y el transporte escaso por la zona, hicieron que la influencia del cristianismo llegara por los catequistas de las Parroquias más cercana al pueblo (la Parroquia de Don Luis).

Hay un espacio de tiempo que se desconoce que pasó en el pueblo, ya que no existe documentación de archivos municipales, parroquiales y de gobierno estatal. Es hasta 1910 donde tenemos información en testimonio.

San Cristóbal ha existido desde tiempos antiguos, incluso antes de la Revolución de Emiliano Zapata y Venustiano Carranza. No se tiene un registro exacto de su fundación, pero se sabe que el pueblo ha sido habitado por indígenas desde tiempos remotos, cuando solo existían rancherías y no había construcciones modernas.