จุดเริ่มต้นของการเข้าร่วมโครงการโรงเรียนส่งเสริมความปลอดภัยของโรงเรียนน้ำดิบวิทยาคม เกิดจากความตระหนักและเห็นความสำคัญในการดูแลนักเรียนของผู้บริหาร คณะครูและบุคลากรทางการศึกษา

จึงได้เข้าร่วมโครงการโรงเรียนคุ้มครองเด็ก

โดย ศูนย์เฉพาะกิจคุ้มครองและช่วยเหลือนักเรียน สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน มูลนิธิศูนย์พิทักษ์สิทธิเด็ก

ภายหลังจากการเข้าร่วมโครงการคุ้มครองเด็ก ในที่ประชุมได้มีการคัดเลือกตัวแทนของโรงเรียนในโครงการโรงเรียนคุ้มครองเด็ก เพื่อเข้าร่วมโครงการโรงเรียนส่งเสริมความปลอดภัยของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน จึงเป็นจุดเริ่มต้นของการดำเนินงานตามโครงการโรงเรียนส่งเสริมความปลอดภัยของโรงเรียนน้ำดิบวิทยาคม