Kerajaan Ternate (abad ke-13) dipimpin Raja Zainal Abidin, sedangkan Tidore dipimpin Sultan Mansur. Kedua kerajaan berkembang pesat berkat perdagangan rempah-rempah, terutama cengkeh. Ternate didukung Portugis (1512), dan Tidore oleh Spanyol (1521), yang menyebabkan persaingan. Sultan Khairun dari Ternate dibunuh oleh Portugis, tetapi penggantinya, Sultan Baabdullah, berhasil mengusir Portugis. Tidore berkembang di bawah Sultan Nuku. Kedatangan Eropa membawa pengaruh agama beragam, dengan Islam dominan di kedua kerajaan. Monopoli perdagangan Eropa menyebabkan kemunduran ekonomi masyarakat setempat.