Komisi Pemilihan Umum (KPU) Kabupaten Halmahera Timur terbentuk pada tahun 2003, bersamaan dengan terbentuknya Kabupaten Halmahera Timur sebagai hasil pemekaran wilayah dari Kabupaten Halmahera Tengah. Pemekaran wilayah Kabupaten Halmahera Timur ini dituangkan dalam Undang-undang Nomor 1 Tahun 2003, tanggal 25 Februari 2003 tentang Pembentukan Kabupaten Halmahera Utara, Kabupaten Halmahera Selatan, Kabupaten Sula, Kabupaten Halmahera Timur, dan Kota Tidore Kepulauan di Provinsi Maluku Utara. KPU Kabupaten Halmahera Timur dalam sejarahnya telah melaksanakan Tahapan Pemilu dan Pemilihan sejak tahun 2004 sampai sekarang.  KPU Halmahera Timur telah menyelenggarakan Pemilihan Umum Presiden dan Wakil Presiden serta Pemilihan Legislatif Tahun 2004, Tahun 2009, Tahun 2014, Tahun 2019 dan Tahun 2024. Sementara itu, untuk Pemilihan Kepala Daerah, KPU Kabupaten Halmahera Timur telah menyelenggarakan Pemilihan Gubernur dan Wakil Gubernur pada Tahun 2008, tahun 2013, tahun 2018, dan 2024, dan untuk Pemilihan Bupati dan Wakil Bupati, KPU Kabupaten Halmahera Timur telah melaksanakan 5 (lima) tahapan yaitu Pilkada tahun 2005, tahun 2010, tahun 2015, tahun 2020, dan tahun 2024.

 Komisi Pemilihan Umum Kabupaten Halmahera Timur adalah Lembaga Penyelenggara Pemilu di tingkat kabupaten yang bertugas mengkoordinasikan penyelenggaraan Pemilu dan Pemilihan di wilayah Kabupaten Halmahera Timur. Kantor KPU Kabupaten Halmahera Timur terletak di Jalan Atib Marala Desa Soagimalaha, Kecamatan Kota Maba, Kabupaten Halmahera Timur. Jumlah anggota KPU Kabupaten Halmahera Timur 5 (lima) orang, terdiri atas seorang ketua merangkap anggota dan 4 (empat) orang anggota.

Dalam menjalankan tugasnya, anggota KPU Kabupaten Halmahera Timur dibantu oleh Sekretariat KPU Kabupaten Halmahera Timur. Sekretariat KPU Kabupaten Halmahera Timur dipimpin oleh seorang sekretaris, yang dibantu oleh 4 (empat) orang Kepala Sub-Bagian, dan para staf yang terdiri atas PNS (Pegawai Negeri Sipil) dan PPPK (Pegawai Pemerintah Dengan Perjanjian Kerja).