เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2539 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้โปรดเกล้าฯ ให้ประธานกรรมการ มูลนิธิราชประชานุเคราะห์ (นายขวัญแก้ว วัชโรทัย) ได้นำผ้าห่มกันหนาวพระราชทานมาแจกจ่าย ให้แก่ราษฎรผู้ยากไร้ในพื้นที่อำเภอแม่อาย ในโอกาสนี้นายอำเภอแม่อาย (นายกฤษฎา บุญราช) ได้กล่าวรายงานเรื่องปัญหาเด็กกำพร้า อำเภอแม่อาย ซึ่งบิดามารดาเสียชีวิตจากโรคเอดส์ ซึ่งนายอำเภอแม่อายได้เสนอแนวความคิดว่า หากปล่อยให้เด็กกำพร้าเหล่านั้นเติบโตไปโดยไม่มีผู้ใดเลี้ยงดูเมื่อเด็กเติบโตเป็นผู้ใหญ่ ก็อาจจะไปก่อปัญหาในสังคมได้ ดังนั้น จึงควรมีองค์กรใดองค์กรหนึ่งมารับผิดชอบเลี้ยงดูให้การศึกษาแก่เด็กเหล่านั้น
ต่อมานายขวัญแก้ว วัชโรทัย ได้นำความเรื่องปัญหาเด็กกำพร้าดังกล่าวข้างต้นขึ้นกราบทูลเพื่อทรงทราบ และต่อมาได้พระราชทานพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯ ให้มูลนิธิราชประชานุเคราะห์ ร่วมกับกระทรวงศึกษาธิการและจังหวัดเชียงใหม่จัดตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 30 ขึ้นเพื่อเป็นสถานที่ในการศึกษาและเลี้ยงดูเด็กกำพร้าและเยาวชนผู้ด้อยโอกาสในสังคมของพื้นที่อำเภอแม่อาย และพื้นที่ใกล้เคียง
กระทรวงศึกษาธิการจึงได้ดำเนินการจัดตั้งโครงการตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 30 ขึ้น โดยวันที่ 19 มีนาคม 2540 ฯพณฯ รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในขณะนั้น (นายสุขวิช รังสิตพล) และท่านขวัญแก้ว วัชโรทัย ประธานกรรมการบริหารมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ พร้อมผู้บริหารระดับสูงกระทรวงศึกษาธิการได้เดินดูพื้นที่ที่จะก่อสร้างและ ได้มีความเห็นชอบให้จัดตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 30 ณ พื้นที่ที่นายอำเภอแม่อายได้เสนอไว้ดังกล่าวแล้ว
ดังนั้นโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๓๐ จังหวัดเชียงใหม่ จึงถือกำเนิดขึ้นมาในวันพิธีวางศิลาฤกษ์ วันอังคารที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2540 และประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2541 โดยมีพื้นที่โรงเรียนจำนวน 162 ไร่ 2 งาน 82.94 ตารางวา ณ หมู่ที่ 2 บ้านแม่แหลงใหม่ อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ โดยกรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายสมพงษ์ ศรีขำ ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์แม่จัน ปฏิบัติหน้าที่ ผู้บริหารโรงเรียนราช-ประชานุเคราะห์ 30 อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่เป็นคนแรก จนถึงวันที่ 30 กันยายน 2545 ได้เกษียณอายุราชการ และ ผู้บริหารคนปัจจุบันคือ ว่าที่ร้อยตรีสมชาย ร่องพืช