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Sujet de stage de Master 2 (6 mois): Les oiseaux sauvages en tant que sentinelles : effet de l’exposition pesticides sur la susceptibilité à l’infection par des maladies à transmission vectorielle.
Techniques, méthodologies mises en œuvre :
Extraction d’ADN
PCR, Nested PCR et qPCR
Analyse de la littérature pour regrouper les traits d’histoire de vie des oiseaux analysés afin d’étudier leur lien, en plus de l’exposition aux pesticides, avec leur susceptibilité d’infection par différents parasites sanguins.
Analyses statistiques (e.g., modèle linéaire généralisé mixte, analyses bayésiennes)
Compétences particulières souhaitées :
Nous recherchons un(e) étudiant(e) rigoureux(se), motivé(e) et dynamique, intéressé(e) par l’écologie et l’écologie évolutive des interactions hôte–symbiote. Des compétences en biologie moléculaire constituent un atout, et des compétences — ou au minimum un intérêt — pour l’analyse de données sont également souhaités.
Candidature :
Merci d'envoyer un CV et une lettre de motivation à l'adresse suivante:
romain.pigeault@univ-poitiers.fr
Vous pouvez candidater jusqu'au Lundi 03 Novembre 2025!
Présentation du projet:
Au cours des 70 dernières années, la population humaine mondiale a plus que doublée. Cette augmentation drastique a entraîné une modification de l’utilisation des terres, avec notamment une forte intensification des pratiques agricoles, associée à une utilisation accrue d’intrants chimiques (engrais, produits phytosanitaires). Bien que les avantages de ces intrants aient été significatifs, depuis le début du XXIᵉ siècle, un nombre croissant de pays ont mis en place des lois visant à en réduire l’usage. L’emploi de nombreux produits phytosanitaires a en effet soulevé de graves préoccupations en matière de santé publique et d’environnement.
De nombreuses études ont mis en évidence que l’exposition à certaines molécules chimiques utilisées en agriculture conventionnelle peut avoir des effets immédiats sur une large gamme d’organismes non cibles, vertébrés et invertébrés (e.g., modifications comportementales, mortalité accrue après exposition (Wan et al., 2025). Des effets à long terme liés à une exposition chronique aux pesticides ont également été rapportés, notamment en raison de leurs effets sur différentes voies métaboliques, incluant la perturbation du système endocrinien (Moreau et al., 2022) ainsi que des altérations de la réponse immunitaire (Moreau et al., 2022). Ces altérations peuvent accroître la susceptibilité des hôtes à l’infection par divers agents pathogènes et, in fine, diminuer leur valeur sélective (i.e., reproduction et longévité). Plus largement, lorsque les hôtes exposés sont des animaux sauvages en contact avec des populations humaines, cette augmentation de la susceptibilité aux infections parasitaires peut modifier les risques de zoonoses.
Le projet de recherche que nous proposons vise à déterminer si des paysages plus ou moins imprégnés de pesticides peuvent influencer la susceptibilité des oiseaux sauvages à l’infection par des parasites à transmission vectorielle. Les oiseaux constituent en effet des réservoirs importants d’agents pathogènes, dont certains sont également susceptibles d’infecter l’Homme (Reed et al., 2003, Smith et al., 2020). Ce projet permettra de mettre en lumière le lien entre l’exposition réelle des oiseaux aux intrants chimiques, évaluée par la quantification des résidus de pesticides dans leur sang, et le niveau d’infection par différents parasites sanguins (e.g., malaria).
Références bibliographiques :
Moreau, J., Rabdeau, J., Badenhausser, I., Giraudeau, M., Sepp, T., Crépin, M., Gaffard, A., Bretagnolle, V., & Monceau, K. (2022). Pesticide impacts on avian species with special reference to farmland birds: A review. Environmental Monitoring and Assessment, 194(11), 790. https://doi.org/10.1007/s10661-022-10394-0
Reed, K. D., Meece, J. K., Henkel, J. S., & Shukla, S. K. (2003). Birds, Migration and Emerging Zoonoses: West Nile Virus, Lyme Disease, Influenza A and Enteropathogens. Clinical Medicine & Research, 1(1), 5–12. https://doi.org/10.3121/cmr.1.1.5
Smith, O. M., Snyder, W. E., & Owen, J. P. (2020). Are we overestimating risk of enteric pathogen spillover from wild birds to humans? Biological Reviews, 95(3), 652–679. https://doi.org/10.1111/brv.12581
Wan, N.-F., Fu, L., Dainese, M., Kiær, L. P., Hu, Y.-Q., Xin, F., Goulson, D., Woodcock, B. A., Vanbergen, A. J., Spurgeon, D. J., Shen, S., & Scherber, C. (2025). Pesticides have negative effects on non-target organisms. Nature Communications, 16(1), 1360. https://doi.org/10.1038/s41467-025-56732-x
Encadrant(s)
- Pigeault Romain, Maitre de Conférences à l’université de Poitiers, membre de l’équipe EES du Laboratoire EBI.
Mail : romain.pigeault@univ-poitiers.fr, tel : 0549453730
- Coraline Bichet, Maitresse de Conférences, La Rochelle Université, membre du Centre d’Etudes Biologiques de Chizé. Mail : coraline.bichet@univ-lr.fr
- Moreau Jérôme, Professeur, La Rochelle Université, membre du Centre d’Etudes Biologiques de Chizé.
Mail : jerome.moreau@univ-lr.fr
Ingénieur(e) d’étude : contrat d'une durée de 12 à 18 mois dans le cadre du projet ViF
Fonction : Ingénieur(e) d’étude
Dans le cadre du projet intitulé « Évolution, mécanismes de féminisation et conflits génétiques chez un virus déterminant le sexe», financé par l'ANR, nous recherchons un(e) Ingénieur(e) d’Etude. Vous serez affecté(e) à l'équipe Écologie Évolution Symbiose (https://urlr.me/uvwAx3) du laboratoire EBI de l’Université de Poitiers (https://ebi.labo.univ-poitiers.fr/). Le projet est coordonné par Romain Pigeault (https://sites.google.com/view/romainpigeault) et Jean Peccoud (https://urlr.me/T7EUCX).
Présentation synthétique du projet :
Chez de nombreuses espèces gonochoriques, des endosymbiontes transmis maternellement biaisent le sexe-ratio en faveur des femelles. Cette distorsion du sexe-ratio ouvre alors la voie à des « conflits génétiques » dans lesquels un suppresseur de distorsion émerge parce qu'il est plus fréquemment hérité par les individus du sexe le plus rare, à fécondité moyenne plus élevée. Bien que plusieurs suppresseurs de distorsion causés par des endosymbiontes soient suspectés ou avérés, aucun n'a encore été caractérisé au niveau moléculaire. De plus, pour comprendre le conflit génétique associé au biais de sexe-ratio, il est nécessaire de découvrir comment un endosymbionte manipule la reproduction de son hôte. Jusqu'à présent, deux des trois manipulations parasitaires induisant des excès de femelles, le « male-killing » et l'induction de parthénogenèse, ont été caractérisées en ce qui concerne les gènes et les mécanismes moléculaires impliqués. Ceux qui sous-tendent le dernier type de manipulation, à savoir la féminisation, restent en revanche insaisissables.
Notre découverte récente du premier virus connu comme déterminant le sexe, infectant des populations sauvages de cloportes, offre une rare opportunité de combler ces lacunes. Le projet ViF (Virus-induced Feminization) exploitera ce système biologique unique pour :
(1) élucider le mécanisme moléculaire de la féminisation : le(s) gène(s) du symbiote impliqué(s), leur(s) effecteur(s) et leur(s) cible(s) chez l’hôte.
(2) documenter l’élimination des chromosomes féminisants par un élément cytoplasmique féminisant, et l’évolution subséquente d’un suppresseur qui restaure des sex-ratios équilibrées.
À la croisée de la manipulation parasitaire, des conflits génétiques et de l’évolution de la détermination sexuelle, nous nous attendons à ce que ce projet éclaire l’évolution de l’endosymbiose et de la suppression des distorsions du sex-ratio, et qu’il apporte de nouvelles perspectives sur les mécanismes moléculaires contrôlant le développement sexuel.
Missions et activités principales :
Les activités de la personne recrutée vont consister à collecter des cloportes dans des populations naturelles dans différentes régions de France (voir également dans des pays limitrophes) puis de réaliser des extractions d’ARN, d’ADN et des (rt-)qPCRs afin de déterminer si les animaux collectés sont infectés par le virus féminisant. Parallèlement, une des missions sera de réalisé le suivi des croisements contrôlés de cloporte (provenant du terrain ou du laboratoire) afin de suivre la transmission du virus et son effet sur le sex-ratio des portées.
Profil recherché
Une formation de niveau Bac+5 dans les domaines de l’écologie et de l’écologie évolutive est souhaitée. De la rigueur scientifique et l’autonomie sont requises. Des compétences en biologie moléculaire sont nécessaires. De bonnes aptitudes à communiquer et à collaborer sont nécessaires. La détention du permis B est nécessaire, compte tenu des missions de collecte des cloportes sur le terrain.
Contrat
Le contrat sera d'une durée de 12 à 18 mois en fonction de l’expérience. La date de prise de poste est située entre mi-février et fin-mars. La date limite pour candidater est le 15 décembre 2025. Le recrutement sera effectué par l’université de Poitiers qui assure la gestion administrative et financière du projet ViF. Le salaire proposé suivra le barème en vigueur à l’université de Poitiers pour des agents contractuels de niveau Ingénieur d’Etudes.
Candidature
Pour candidater, veuillez envoyer les documents suivants sous forme d’un unique fichier PDF : (i) un CV, (ii), une lettre de motivation décrivant vos recherches et expériences antérieures en adéquation avec ce poste et (iii) une ou deux lettres de recommandation ; à l'attention de Romain Pigeault (romain.pigeault@univ-poitiers.fr) et de Jean Peccoud (jean.peccoud@univ-poitiers.fr).
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