En 1990, Baggio fue adquirido por la Juventus, para desgracia de los seguidores florentinos, por 10 millones de euros, todo un récord en traspasos. Tras el traspaso, hubo incluso disturbios en las calles de Florencia. Cuando disputó su primer partido como bianconero contra la Fiorentina, Baggio se negó a lanzar un penalti, declarando: «Me he entrenado mucho con Mareggini y sabe muy bien como tiro los penaltis». En 1993, Baggio conquistó la Copa de la UEFA con la Juventus, y obtuvo también ese año el Balón de Oro y el FIFA World Player.

Ganó la Europa League con la Juventus contra el Borussia Dortmund.