Neovisno o simptomima, ukoliko osoba s celijakijom nije na potpuno bezglutenskoj prehrani, dolazi do atrofije sluznice tankog crijeva što dovodi do visokog rizika od malnutricije. Oštećenje sluznice koje traje dovodi do veće mogućnosti razvoja malignih bolesti probavnog sustava. U cjelini stopa smrtnosti osoba s celijakijom koje nisu na bezglutenskoj prehrani je dvostruko veća nego kod zdrave populacije.