El jugador ingresa al nivel, el cual según su progresión puede encontrarse con un nivel de combate o uno de plataformas. Para completar dicho nivel es necesario completar 4 caras de un trayecto repleto de trampas, obstáculos y enemigos que dificultan el paso. Cuando se llega al final de una cara, el jugador se encontrará con una puerta que rotará la torre y dará acceso a la siguiente cara del nivel. Una vez completadas las 4 caras, la última puerta elevará al jugador hacia el siguiente nivel, dando una impresión de que se está escalando la torre y, de esta forma, se repite todo el proceso del loop del juego.
La progresión dentro de Proyecto Roque está centrada en las habilidades y el equipamiento adquiridos con la compleción de los niveles. Dentro de estas habilidades desbloqueables se encuentran el Gancho, el Doble Salto y la Curación, las cuales serán de gran utilidad para completar los niveles post-tutoriales de manera adecuada. Los niveles iniciales están diseñados para que el jugador pueda acomodarse a las mecánicas iniciales y aquellas que desbloqueará posteriormente. El nivel de dificultad aumentará según se escala la torre con la aparición de una mayor cantidad de trampas, obstáculos, enemigos y el aumento en la complejidad de los niveles, los cuales requerirán de un buen manejo de las mecánicas para completarlos.