Repte 3
art i ciència
Abans de començar:
Aquesta proposta és per fer-la després d'alguna de les anteriors i es basa en la generació a l'atzar d'estructures de proteïnes per veure què se'n desprèn i fer anar la creativitat usant com a material les seqüències de proteïna, com qui fa servir fang per modelar.
Context
Som bioartistes que hibridem art i ciència i estem dissenyant una exposició artística a partir de seqüències de proteïnes. Un cop obtenim les proteïnes plegades, les fabriquem i mirem què fan dins d’una cèl·lula.
Gràcies al programa AlphaFold, podem provar plegaments de proteïna a partir de seqüències d’aminoàcids creades per nosaltres en un temps prudencial.
Avui buscarem noves proteïnes per a l’exposició. Quan trobem aquella seqüència o estructura que ens inspiri, podem crear un producte final com una entrada al blog, una impressió 3D o un póster imprès.
Repte: Podem fer servir la creativitat per crear seqüències de proteïna i predir la seva estructura usant l'eina AlphaFold?
Per fer-ho haureu predir quina estructura tindrà la seqüència, fent servir l'Eina AlphaFold (seguiu l'enllaç)
Ens distribuïm en grups de 2-3 persones
És una tasca bàsicament a l’atzar en què es poden provar diferents estratègies. Per exemple:
Què passa si posem repeticions del mateix aminoàcid seguit com WWWWWW?
Què passa si posem repeticions de 3 o 4 aminoàcids seguits com AYKTAYKTAYKT?
Què passa si escrivim una paraula?
Què passa si escrivim una frase (inventada o una part d’un llibre)? En aquest cas haurem d’eliminar tots els espais i els signes de puntuació.
Què passa si escrivim el nostre nom?
IMPORTANT: cal tenir en compte que cada canvi que es prova triga uns 2-3 minuts en donar el resultat, però en funció de la connexió i els ordinadors pot trigar més.
Com un bon bioartista, cal que anoteu tots els canvis i resultats en una fitxa (descarregable a sota). Anoteu en la fitxa les seqüències que heu provat i els resultats que heu obtingut (poden fer una captura de pantalla de la imatge del plegament resultant).
Un cop passat el temps de proves, compartim amb la resta de grups els resultats.
Per finalitzar, consensuem entre tots la resposta al repte.
A partir d’aquí, podeu preparar un producte final en què s’expliqui l'obra que heu creat, imprimir-la en gran, amb impressora 3D, modelar-la amb un altre material... Cada grup, a partir de l’estructura generada, pot crear una obra artística en el format i amb els materials que consideri adequats. Al final podeu mostrar les obres i una explicació en una exposició!
Per agafar idees, podeu visitar algun museu d’art modern o directament el PDB Art. També hi ha altres exemples de protein paintings com el del PNAS.
Com un bon bioartista, cal que anoteu tots els canvis i resultats en una fitxa (descarregable a sota). Anoteu en la fitxa les seqüències que heu provat i els resultats que heu obtingut (poden fer una captura de pantalla de la imatge del plegament resultant).
Un cop passat el temps de proves, compartim amb la resta de grups els resultats.
Per finalitzar, consensuem entre tots la resposta al repte.
A partir d’aquí, podeu preparar un producte final en què s’expliqui l'obra que heu creat, imprimir-la en gran, amb impressora 3D, modelar-la amb un altre material... Cada grup, a partir de l’estructura generada, pot crear una obra artística en el format i amb els materials que consideri adequats. Al final podeu mostrar les obres i una explicació en una exposició!
Per agafar idees, podeu visitar algun museu d’art modern o directament el PDB Art. També hi ha altres exemples de protein paintings com el del PNAS.
La llibreta de laboratori és molt important per a un bioartista.
Baixeu i aneu omplint la fitxa.
