พิธีพระราชทานปริญญาบัตรครั้งแรกของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดขึ้นที่หอประชุมสมเด็จย่า มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในวันอังคารที่ ๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๗ โดยพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษา ซึ่งเป็นบัณฑิตรุ่นแรก เข้าศึกษาในปีการศึกษา ๒๕๔๒ และสำเร็จการศึกษาในปีการศึกษา ๒๕๔๕ มีจำนวนทั้งสิ้น ๔๖ คน

นับตั้งแต่พุทธศักราช ๒๕๔๗ เป็นต้นมา ด้วยพระมหากุณาธิคุณของ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระราชทานปริญญาบัตรให้แก่บัณฑิตของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงไปแล้วจำนวน ๑๙ รุ่น มีผู้สำเร็จการศึกษากว่า ๓๕,๐๐๐ คน นับเป็นพระมหากรุณาธิคุณต่อบัณฑิตและมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงอย่างหาที่สุดมิได้