Kegiatan Perikanan di Pengambengan  telah dimulai sejak Tiga puluhan tahun yang lalu. Pada mulanya berupa Pangkalan Pendaratan Ikan (PPI) yang dibangun pada tahun 1976/1977. Secara bertahap dikembangkan dan oleh Fisheries Infastructure Sector Project, dilakukan studi kelayakan melalui Roger Consulting Marine Gmbh pada tahun 1988. 

Berdasarkan hasil study tersebut, dilakukan pembangunan beberapa fasilitas pada tahun 2000 sampai tahun 2003 antara lain : Break Water, Jetty, Jalan, Tempat Pelelangan Ikan. 

Gubernur Bali, melalui surat Nomor 523.2/0211/Prod/DKP tanggal 28 Pebruari 2005 mengusulkan peningkatan status pelabuhan dengan pertimbangan agar pengelolaannya menjadi lebih terarah dalam rangka menuju pelabuhan perikanan sebagai pusat pertumbuhan ekonomi masyarakat serta karena untuk mengoperasionalkan pelabuhan perikanan diperlukan jumlah personil dan biaya operasional yang cukup besar, padahal kemampuan keuangan daerah terbatas untuk membiayai operasional dan pemeliharaan pelabuhan. 

Selanjutnya berdasarkan surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara No. B/2712/M.PAN/12/2005 tanggal 30 Desember 2005 dilakukan peningkatan kelas, dari Pangkalan Pendaratan Ikan Pengambengan menjadi Pelabuhan Perikanan Pantai Pengambengan. 

Berdasarkan surat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara No. B.2672/M.PAN/9/2009 tanggal 11 September 2008, peningkatan status kelas dan diresmikan menjadi Pelabuhan Perikanan Nusantara Pengambengan pada tanggal 6 Pebruari 2009. 

Pelabuhan Perikanan Nusantara Pengambengan terletak pada posisi 080 23’ 46” Lintang Selatan dan 1140 34’ 47” Bujur Timur, terletak di desa Pengambengan, Kecamatan Negara, Kabupaten Jembrana, Propinsi BALI. Berjarak 9 KM dari Kota Negara dan 105 KM dari Kota Denpasar, menghadap ke Wilayah Pemanfaatan Perairan (WPP) 573 Samudera Hindia dan Selat Bali. 

Pelabuhan Perikanan Nusantara Pengambengan didukung oleh industri pengolahan ikan yang ada di komplek maupun yang ada di luar komplek pelabuhan; yaitu industri pengalengan ikan dan penepungan ikan berjumlah 14 unit (diluar komplek pelabuhan), serta  1 unit industri di dalam komplek pelabuhan yaitu PT. Cilacap Samudra Fishing Industry yang kegiatannya berbentuk pengolahan ikan, pabrik es, cold storage dan galangan kapal.