O Programa de Pesquisa e Monitoramento Ambiental (PPMA) da APA das Dunas de Paracuru visa o desenvolvimento de pesquisas científicas de curta, média e longa duração, bem como o monitoramento quali-quantitativo de córregos e lagoas interdunares situados nos limites da unidade de conservação. O programa é conduzido pelo Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Ceará (IFCE) do Campus Paracuru em parceria com a Secretaria de Meio Ambiente (SEMA) do Ceará.