Salah satu program unggulan SD Pupuk Kujang yaitu Native Speaker Program. Program ini bertujuan untuk memfasilitasi siswa-siswi agar dapat berkomunikasi dalam Bahasa Inggris dengan percaya diri. Kami bekerja sama dengan Indogro Institute untuk pengadaan Native Speaker yang kompeten dan friendly. Kurikulum yang digunakan yaitu Perennial Curriculum yang disesuaikan dengan Kurikulum 2013 dan kebutuhan siswa. Model pembelajaran yang digunakan bervariasi dengan tetap memperhatikan prinsip pembelajaran interaktif dan student centered.

Dalam program tahsin dan tahfidz kami menggunakan metode qira’ati yaitu, metode pembelajaran membaca Al-qur’an tanpa dieja dan tidak dituntun

Membaca Al-qur’an dengan tartil dan fasih sesuai dengan tajwid dan makhrojul huruf yang benar.

Pengajar tahsin dan tahfidz sudah bersyahadah qira’ati dan harus mengikuti pembinaan rutin MMQ ( Majlis Muallimin Qur’an) setiap bulannya, selain itu beberapa pengajar merupakan hafidz atau hafidzoh 30 juz Al-Qur’an

Anak sekolah pupuk kujang sampai saat ini sudah banyak pembelajaran dan bersyahadah qira’ati