GKI Ngupasan, GKI tertua di Jogjakarta berdiri 3 Juni 1934 merupakan cikal bakal berdirinya 3 GKI lainnya yaitu GKI Wongsodirjan (31 Oktober 1991), GKI Gondomanan (22 November 1996) dan GKI Gejayan termuda, berdiri 3 Maret 2000. Sejak kehadiran Pdt. Iskak Gunawan tahun 1959 telah mengilhami beliau untuk mengumpulkan sekolah-sekolah Kristen yang dulu dirintis oleh Guru Injil Go Tiang Lioe, maka pada tanggal 6 April 1959 berdirilah Yayasan Pendidikan dan Pengajaran Nasional yang kemudian berubah menjadi YPPN Budya Wacana sejak 17 Oktober 1970. Melalui kehadiran YPPN Budya Wacana maupun Yayasan Pelita Kasih, GKI Ngupasan berharap bukan lagi terang yang yang ditaruh di bawah gantang melainkan bagaikan kota di atas gunung yang memancarkan terang Kristus sampai jauh. Dengan semakin bertambahnya GKI di Jogjakarta dan agar ke empat GKI ini dapat terjalin kerjasama yang harmonis, berdirilah Badan Kerjasama GKI se Jogjakarta pada tanggal 9 Juni 1998. Tidak hanya untuk hubungan gerejawi saja tetapi terlebih agar dapat menyatakan kehendak Tuhan melalui Yayasan-yayasan yang ada. GKI Ngupasan, GKI Wongsodirjan dan YPPN Budya Wacana menjalin kerjasama dengan tujuan yang mulia antara lain saling membantu di dalam melakukan tugas panggilan dan pengembangan diri masing-masing ; GKI Ngupasan dan GKI Wongsodirjan memotivasi anggota Jemaatnya supaya tumbuh rasa memiliki terhadap sekolah-sekolah YPPN Budya Wacana dan mendorong anak-anak mereka bersekolah di sekolah-sekolah Budya Wacana.