Program boarding merupakan program unggulan pendidikan di SMP Islam Al Hadi yang mengoptimalkan kemampuan membaca Al-Qur'an dan Hafalan Qur'an dengan menggunakan metode FAHIM. Pembelajaran menggunakan sistem kepondokan yang diintegrasikan dengan kurikulum Dinas. 

Program Boarding ini memiliki target hafalan 15 Juz Mutqin dengan tambahan penguatan Bahasa Arab dan Bahasa Inggris.