Sejarah berdirinya MTsN 2 Deli Serdang yaitu pada tahun 1994 yang digagas oleh Drs. Hasbullah Hadi, SH.,M.Kn dan Waliman, S.Ag. Kala itu masih bernama MTsS Teladan yang beralamat di Jalan Thamrin, Kecamatan Lubuk Pakam. Status kepemilikan gedung dan tanah masih menupang yang mana merupakan milik Yapni Provinsi.

Tahun 1996, dilanjutkan oleh Waliman, S.Ag bersama Bukhori Siregar. Pada tahun ini nama berganti dari MTsS Teladan menjadi MTsS Persiapan Negeri. Dari tahun 1994-1996 masih dibawah kepemimpinan Kepala Kantor Kementerian Agama Povinsi Sumatera Utara, Drs. H. A. Bidawi Zubir. MTsS Persiapan Negeri masih menumpang dan beralamat ditempat yang sama.

MTsN Lubuk Pakam menjadi nama baru pada November 1996. Dari MTsS Persiapan Negeri menjadi MTsN Lubuk Pakam digagas oleh Waliman, S.Ag bersama Bukhori Siregar. Masih pada masa periode Kakanwil yang sama. Pada sejarah ini, MTsN Lubuk Pakam sudah memiliki dua lokasi, satu di lokasi lama yaitu Jalan Thamrin Kecamatan Lubuk Pakam dan yang kedua di Jalan Karya Agung Komplek Pemkab Deli Serdang. Kala itu lahan di lokasi kedua, merupakan Pinjam Pakai Lahan dari Pemerintah Kabupaten Deli Serdang pada masa Bupati Deli Serdang, Maimaran N.S, untuk periode peminjaman lahan 1996-2018. Gedung di lokasi kedua merupakan Swadaya dari orang tua dan wali siswa dengan berdirinya bangunan 3 ruang kelas, 1 kantor dan beberapa kamar mandi.

Masuk tahun 2002, pada masa Kakanwil Kemenag Sumut, Prof. Dr. H. Mohd. Hata, status pemakaian lahan masih Pinjam Pakai Lahan oleh Pemerintah Kabupaten Deli Serdang. Namun, lokasi MTsN Lubuk Pakam pada saat itu sudah berada di satu lokasi di Jalan Karya Agung Komplek Pemkab Deli Serdang. Untuk di Jalan Thamrin Kecamatan Lubuk Pakam sudah habis masanya.

Kemudian pada tahun 2018, MTsN Lubuk Pakam berubah nama menjadi MTsN 2 Deli Serdang berdasarkan keputusan Kementerian Keuangan. Kala itu berada pada masa kepemimpinan Kakanwil Kemenag Sumut, H. Iwan Zulhami, SH., M.AP. Status tanah dari Pinjam Pakai Lahan menjadi Hibah oleh Pemerintah Kabupaten Deli Serdang dari tahun 2019-2021 berdasarkan Keputusan Bupati Deli Serdang No. 468 Tahun 2019. Perlahan-lahan pembangunan ruang kelas baru dan sarana prasarana dikebut, dengan  bersumberkan dana dari Paguyuban dan Komite Madrasah bersama orang tua dan wali siswa.

Pada akhirnya, tangga 10 Januari 2022, Pemerintah Kabupaten Deli Serdang secara sah memberikan sepenuhnya lahan yang digunakan kepada MTsN 2 Deli Serdang dan berganti status dari Hibah menjadi Hak Pakai melalui sertipikat yang dikeluarkan Kementerian Agraria dan Tata Ruang/Badan Pertanahan Nasional Republik Indonesia dengan Nomor Surat : 398/Tanjung Garbus I/2022