Politeknik St. Wilhelmus didirikan oleh Bapak Jacob Nuwa Wea (Menakertrans - Kabinet Gotong Royong). Bapak W. A. William Yani Wea, SH., M.IP., CLA sebagai Ketua Yayasan Santo Wilhelmus Flores. Berdasarkan SK Mendikbud No. 274/M/2020 tentang Yayasan Santo Wilhelmus Flores Sebagai Badan Penyelenggara Politeknik Santo Wilhelmus. Penyelenggaraan Politeknik St. Wilhelmus berdasarkan SK. Mendiknas RI No. 20/D/O/2003 Tanggal 31 Januari 2003 dengan empat program studi sebagai berikut:

1. Program Studi Tanaman Pangan dan Hortikultura

2. Program Studi Manajemen Lahan Kering

3. Program Studi Nutrisi dan Makanan Ternak

4. Program Studi Akuntansi