สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก มีอาคารปฏิบัติงาน 2 อาคาร

• อาคาร 1 ตั้งอยู่ภายในบริเวณศาลากลางจังหวัดนครนายก เลขที่ 182/89 ถ.สุวรณศร ต.ท่าช้าง อ.เมืองนครนายก จ.นครนายก 26000

• อาคาร 2 ตั้งอยู่ภายในบริเวณโรงเรียนอนุบาลเมืองนครนายก ถ.นครนายก - รังสิต ต.ท่าช้าง อ.เมืองนครนายก จ.นครนายก 26000

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก มีกลุ่มงานทั้งหมด 10 กลุ่ม กลุ่มที่ปฏิบัติงาน อาคาร 1 มีจำนวน 9 กลุ่ม ประกอบด้วย

1.กลุ่มอำนวยการ

2.กลุ่มนโยบายและแผน

3.กลุ่มบริหารงานบุคคล

4.กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา

5.กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์

6.หน่วยตรวจสอบภายใน

7.กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกลแทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

8.กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา

9.กลุ่มกฏหมายและคดี

กลุ่มที่ปฏิบัติงาน อาคาร 2 มีจำนวน 1 กลุ่ม คือ กลุ่มนิเทศ ติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษา

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก มีภารกิจการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน ประกอบด้วย การจัดการศึกษาระดับก่อนประถมศึกษาการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาและการจัดการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น