เป็นโครงการที่เกิดขึ้นจากพระปรีชาสามารถในศาสตร์ต่างๆของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ เช่น โครงการเกี่ยวกับดิน น้ำ ป่า และวิศวกรรม โดยการดำเนินงานของโครงการดังกล่าวจะมีหน่วยงานพิเศษของทางราชการเป็นตัวกลางในการประสานงาน คือ สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อน จ.ฉะเชิงเทรา
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทอง จ.นราธิวาส
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาภูพาน จ.สกลนคร
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาห้วยทราย จ.เพชรบุรี เน้นเรื่องป่าเปียก, ป่าชายเลน
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบน จ.จันทบุรี เน้นเรื่องสภาพแวดล้อม การฟื้นฟูป่าชายเลนและโครงการอนุรักษ์หญ้าทะเล
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาห้วยฮ่องไคร้ จ.เชียงใหม่ เน้นเรื่องทฤษฏีการปลูกป่า 3 อย่าง
โครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำแม่อาว จ.ลำพูน เน้นเรื่องการพัฒนาและฟื้นฟู
โครงการห้วยองคต จ.กาญจนบุรี เน้นเรื่องการฟื้นฟูสภาพสิ่งแวดล้อม (rehabilitation)
โครงการศึกษาวิจัยและพัฒนาสิ่งแวดล้อมแหลมผักเบี้ย จ.เพชรบุรี เน้นการรักษาสภาพป่าชายเลนโดยวิธีทางธรรมชาติ
โครงการพัฒนาปากน้ำปราณบุรี จ.ประจวบคีรีขันธ์
โครงการพัฒนาเบ็ดเสร็จลุ่มน้ำสาขาแม่ปิง จ.เชียงใหม่และลำพูน เน้นการปลูกป่า การทำแนวกันไฟ
โครงการพัฒนาพื้นที่ป่าขุนแม่กวง จ.เชียงใหม่ ซึ่งเป็นแหล่งต้นน้ำลำธาร
โครงการศูนย์ศึกษาวิจัยธรรมชาติและป่าพรุสิรินทร
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จ.ฉะเชิงเทรา
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาพิกุลทองอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จ.นราธิวาส
โครงการศูนย์ ศึกษาการพัฒนาห้วยทรายอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จ.เพชรบุรี
โครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาห้วยฮ่องไคร้อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จ.เชียงใหม่
โครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มแม่อาว จ.ลำพูน
โครงการศึกษาวิธีการฟื้นฟูที่ดินเสื่อมโทรมเขาชะงุ้ม จ.ราชบุรี
โครงการทดลองแก้ปัญหาดินเปรี้ยว จ.นครนายก
- แนวพระราชดำริ "แกล้งดิน"
- แนวพระราชดำริเกี่ยวกับการนำ "หญ้าแฝก" มาใช้ป้องกันการพังทลายของดิน
- แนวพระราชดำริ "ห่มดิน" เพื่อการฟื้นฟูดินที่เสื่อมสภาพ
โครงการพัฒนาลุ่มน้ำป่าสัก จ.ลพบุรี,จ.สระบุรี
โครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำแม่อาว จ.ลำพูน
โครงการห้วยองคต จ.กาญจนบุรี
โครงการเขื่อนขุนด่านปราการชล จ.นครนายก
โครงการพัฒนาเบ็ดเสร็จลุ่มน้ำสาขาแม่ปิง จ.เชียงใหม่,จ.ลำพูน
โครงการศึกษาวิจัยและพัฒนาสิ่งแวดล้อมแหลมผักเบี้ย จ.เพชรบุรี
โครงการน้ำดีไล่น้ำเสียตามคลองต่างๆ ในกรุงเทพมหานคร
โครงการบำบัดน้ำเสียโดยใช้พืช บึงมักกะสัน จ.กรุงเทพมหานคร
- แนวพระราชดำริ "แก้มลิง"
- "ฝนหลวง"
โครงการศึกษาวิจัยและพัฒนาสิ่งแวดล้อมแหลมผักเบี้ย จ.เพชรบุรี เน้นการบำบัดน้ำเสียชุมชน โดยวิธีทางธรรมชาติ
โครงการผันน้ำเข้าที่ส่วนพระองค์ บริเวณพระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระสุริโยทัย ทุ่งมะขามหย่อง จ.พระนครศรีอยุธยา
โครงการป้องกันน้ำท่วมด้วยการเบี่ยงน้ำ คลองลัดโพธิ์ กรุงเทพมหานคร
โครงการพัฒนาลุ่มน้ำห้วยทอน จังหวัดหนองคาย
ศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบน จังหวัดจันทบุรี