มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตอำนาจเจริญ ก่อตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2539 เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาในภูมิภาค ต่อมา เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2552 มีการลงนามบันทึกข้อตกลงความร่วมมือระหว่างจังหวัดอำนาจเจริญ องค์การบริหารส่วนจังหวัดอำนาจเจริญ และมหาวิทยาลัยมหิดล
เพื่อสนับสนุนการจัดตั้งวิทยาเขต
    หลักสูตรแรกที่เปิดสอน คือ หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรบัณฑิต ซึ่งเป็นหลักสูตรระดับปริญญาตรีที่มีบัณฑิตจบการศึกษาและทำงานในชุมชน ทั้งในหน่วยงานราชการ ท้องถิ่น และภาคเอกชน โดยรุ่นแรกเปิดรับเมื่อปี พ.ศ.2554 จนถึงปัจจุบัน