Дослідник Сіцінський другої половини XVII століття розповідає , що в лісі поміщика Холоневського в одному з урочищ, що називалося "цвинтарищем" стояла перша сільська церква.
На початку XVIII століття, в середині села, була збудована нова церква, яка знаходилась на території теперішньої садиби селянина Петра Томляка, про що свідчили два кам'яних хрести.
Проіснувала ця церква до 1760 р. Тоді було збудовано нову церкву на кошти селянина Дем’яна Короля. Ця церква була дерев'яною, трьох купольна. Церкві було відведено 33 десятини землі. Обслуговувала вона 1841 парафіянина.
В 1891 році від удару блискавки церква згоріла. Замість неї в 1892 році було збудовано тимчасову часовню і в той же час почався збір коштів на побудову нової церкви. Цю церкву було закінчено будувати в 1898 році.
У селі налічувалося 1855 прихожан, з них 937 чоловіків і 918 жінок. Крім того в селі Пеньківка проживали представники інших релігійних конфесій, а саме: 50 дворів католицького походження, 96 дворів іудейської віри.
В 1868 році в Пеньківці було відкрито першу церковно-приходську школу. В ній навчалося 48 хлопчиків і 5 дівчаток.
Церква яку збудували у 1898 році була на цьому ж місті, де сьогодні стоїть нова церква. Проіснувала вона до 1936 року, потім активісти села та комсомольці розібрали церкву і зробили з неї клуб. Але перед Другою світовою Війною церкву розібрали повністю і збудували з неї комору. 1944 року храм відновили і належав він до УАПЦ. 1946 р. за наказом радянської влади храм було повністю зруйновано.
Аж у 1986 році було на цвинтарі збудовано каплицю. Тут правилася служба і самі прихожани збиралися читати слово Боже, співати псалми. Жінки згуртували церковний хор, в якому співали: Коломієць Марія Микитівна, Григоренко Ганна Петрівна, Шамолюк Євдокія Федорівна, Григорук Марія Григорівна, Кийовська Галина Леонідівна, Дудник Марія Трохимівна, Бурлака Клавдія Романівна, Бурлака Марія Андріївна, Розборська Ганна Харитонівна, Бурлака Ніна Ісаківна. Піклувалась будівництвом цієї каплиці Козловська Ганна, будував її майстер Томляк Сергій Іванович. Усі будівельні роботи проводились за рахунок пожертвувань віруючих.
21 липня 1994 року було освячено перший камінь і місце для будівництва п'ятої церкви в селі Пеньківка. Освячення проводив протоіерей з Києва Федір Шеремета, уродженець села Підлісного та священик Володимир.
Будівництво нової церкви було розпочато на тому ж місці де було зруйновано церкву в 1938 р. в центрі села біля будинку вчителя. Та не так просто виявилося відстояти вибране місце і збудувати церкву саме тут. Почалася боротьба віруючих із керівництвом села та колгоспу. Останні доводили, що тут мало місця, що тут не місце церкві, що тут місце не відповідає екологічним вимогам, що архітектори забороняють, санстанція забороняє. Знаходили і інші причини, відводили інші ділянки для будівництва церкви.
Будівництво все-таки було розпочато і проводилось за проектом Київського протоіерея Федора Шеремети та за допомогою пеньківських майстрів.
Очолили будівництво церкви місцеві майстри. Допомагати будувати церкву (різноробочими помічниками) приходили чи не всі православні пеньківчани.
Уже в 1996 році церква почала діяти, хоч і всередині вона зовсім не була оздоблена. Було вибудовано стіни та дах. В 2000 році було оздоблено іконостас чужими майстрами.
Будівництво церкви тривало доволі довгий час через недостачу пожертв.
Найбільше часу правив отець Володимир. Він правив з 1996 року по 2001 рік. Після отця Володимира службу правив отець Дмитро, Василь, Віталій, Ростислав, Олег, Іоанн і в даний час службу править отець Віталій Недипіч.
2009 р. було освячено престол і храм, в день Блаженної Матрони, Високопреосвящейнишим Архієпископом Симеоном.