Lembaga Pendidikan Islam Al-Mukhlishin, pada tahun 2004 Madrasah Diniyah mendapatkan izin oleh Kementerian Agama (DEPAG) Kabupaten Pontianak dengan Surat Keputusan Kepala Kantor Departeman Agama Kab. Pontianak Nomor : Kd-14.02/4/pp.007/341/24 Tentang Pemberian persetujuan pendirian Madrasah Diniyah luar Pontren dilingkungan Departeman Agama Kabupaten Pontianak. dengan nomor statistik 412610211010 ditandatangani oleh Drs.H.M.Basri Har sebagai Kepala Depag Kab. Pontianak, dan Kepala Madin Al-Mukhlishin pada waktu dipimpin Zulkifli Hasan dan Alhdamdulillah dalam perjalanan Madin Awaliyah Al-Mukhlishin bertempat di Mesjid Al-Mukhlishin mengalami perkembang, berbondong-bondong warga disekitar memasukkan anaknya di Madin Awaliyah Al-Mukhlishin untuk mendapatkan pendidikan agama, melihat kondisi Madin Awaliyah Al-Mukhlishin mendapat respon positif dari warga Antibar maka terpikirlah untuk membuat badan hukum Lembaga Penidikan Islam Al-Mukhlishin. Pada Tahun 2005 Lembaga Pendidikan Islam Al-Mukhlishin di aktenotariskan di Notaris Muda Mahendrawan,SH dengan nomor 19 tanggal 26 Juli 2005 oleh Supardi A. Kadir, S.Pd, Mahmud Abu Bakar, Zulkifili Yusuf, Lutfimanfaluqi, Riza Ilhamsah. Setelah itu berlanjutlah pendirian Pondok Pesantren dengan Surat Keputusan dari Departemen Agama Kab.Pontianak Nomor : Kd.14.02/4/PP.007/222/2006,Madrasah Tsanawiyah Swasta dengan surat keputusan dari Departemen Agama Provinsi Kalimantan Barat dengan Nomor: Kw.14.4/4/PP.00.5/0309/2005 tanggal, 5-10-2005. Panti Asuhan oleh Dinas Sosial, Tenaga Kerja dan Transmigrasi Pemerintah Kab.Pontianak dengan Nomor : 66.2/252/Sosnakertransi-B, tanggal : 17 Februari 2006. Madrasah Ibtidaiyah Swasta dengan Surat Keputusan Departemen Agama Kabupaten Pontianak, Nomor : Kd.14.02/5/PP.005/521/2008, tanggal 17 Juni 2008, Madrasah Aliyah Swasta yang telah berdiri pada tahun 2008 akan tetapi mendapatkan ijin operasional pada tahun 2009 oleh Departemen Agama Kantor Wilayah Provinsi Kalimantan Barat Nomor : 365 Tahun 2009, tanggal 26 Mei.