El actual territorio de Tosagua estuvo habitado antes de la llegada de los españoles por Los Tosahuas, una parcialidad indígena perteneciente al Reino de los Caras y que se asentó en los márgenes del Río Carrizal que en la etapa colonial se denominaba como Río Tosagua. Esta gente llegó a mantener estrechas relaciones con otras tribus, como los chonanas, ñauzas, caniloas, passaos, apedigues, pichotas, pinpiguasíes, entre otros que también formaban parte de dicho reino.

En 1534 como consecuencia de la conquista española, el gobernador de Guatemala, Pedro de Alvarado, dejó en Tosahua a Luis de Moscoso y Diego de Holguín, 30 españoles y a varias docenas de indios centroamericanos. El lugar era conocido con el nombre de Tosahua, hasta que durante el siglo xvii fue sustituida en el vocablo H por la G, y se denominó Tosagua. Como el poder eclesiástico era determinante en el control geopolítico de la Real Audiencia de Quito, los habitantes de Tosagua, entre ellos Manuel Alonso Vera, Efraín de la Vega, Crisanto Marcillo, pidieron a la Arquidiócesis de Quito la erección de una parroquia eclesiástica, que fue creada el 8 de diciembre de 1628, con el apoyo del Presidente de la Real Audiencia de Quito, señor Antonio de Morga. Durante su vida parroquial, Tosagua no logró un importante desarrollo. Por más de 28 años los territorios asignados a Tosagua en aquella época formaron parte del efímero Gobierno de Caráquez.