Brunton foi um dos primeiros autores a submeter as doutrinas orientais à metodologia da ciência, enquanto que ao mesmo tempo, desafiava a ciência, para que esta olhasse além de sua tecnologia, para os verdadeiros mistérios da vida. Ele queria ligar a ciência e o misticismo e em geral, integrar as realizações da filosofia ocidental com os insights do hinduísmo e do budismo. O primeiro resultado desse esforço foi sua Tese de Ph.D., em 1938 (A Filosofia Indiana e a Cultura Moderna), publicada pela Rider e E.P. Dutton em 1939, seguida pelo livro O Ensinamento Oculto Além da Ioga, publicado em 1941, o qual aborda as questões da epistemologia através da lente dupla da ciência moderna e da investigação racional dos fundamentos do antigo Oriente. Ele então concluiu esse projeto dois anos mais tarde, com o seu opus metafísico, A Sabedoria do Eu Superior. Seus pensamentos posteriores sobre estes temas podem ser encontrados no Volume 13 de sua série nos Notebooks. Curiosamente, ele mais uma vez encontrou a si mesmo compartilhando o mesmo espaço (se não o tempo) com um outro autor; neste caso, o apartamento no qual ele escreveu esses textos havia sido ocupado no passado por Helena Petrovna Blavatsky, quando ela estava escrevendo seu grande trabalho, A Doutrina Secreta. “Então, PB estava seguindo a HPB”, ele mesmo disse isto uma vez, em tom de brincadeira.