Los orígenes de la ciudad de Jaén se remontan al período del Horizonte Tardío. De 1000 a 1500 años a. C. Se han encontrado grandes asentamientos humanos en los valles de las actuales provincias de Jaén, Bagua y San Ignacio. Sus obras arquitectónicas y cerámicas aún se conservan. En el valle de Jaén se encuentra el gran sitio arqueológico de Montegrande, con presencia de montículos y estilos cerámicos de tradición prechavinista: el Turuco, el vasto cementerio precolombino ubicado en Bellavista, Ingatambo en Pomahuaca. Otras especies como esta se encuentran en los valles de Chamaya, Shumba, Tabaconas, Chinchipe y Utcubamba. En estas fértiles tierras del nororiente peruano floreció la cultura del pueblo jíbaro, cuya etnia pertenecía a los huánbucos y los patagones, quienes se asentaron en el floreciente valle de Chuquimayo (Chinchipe), nombre de los patagones, por el hecho de que hablan patagónico. Los Incas Huayna Cableac en su intento de someter a estos pueblos bajo la influencia del vasto Imperio Inca sufrieron una catastrófica derrota, los llamaron Pukamoros, del quechua puka = rojo y pared = pintar, significa pintar de rojo debido a la costumbre. debían estar semidesnudas, cubiertas por delante y por detrás con minifalda o taparrabos o algún tipo de falda, y pintarse el pecho y la cara de rojo, con achiotes, en sus fiestas y cuando iban a la guerra; Estas ciudades cubren una zona muy grande de la Amazonía oriental, incluyendo al menos toda la cuenca de los ríos Chinchipe y Zamora y las riberas de los ríos Santiago y Marañón.
Los aborígenes de esta zona a veces viven en casas, en grupos de 5 y 10; Sus casas son de dos estilos: algunas cerradas con techos de paja para protegerse de la lluvia, con puertas cercadas y otras abiertas con un simple dosel para mantener las ramas calientes y cuando no llueve. Dedicados a la agricultura, tenían grandes plantaciones de maíz, las actividades que compartían eran la caza, la pesca y la apicultura. No tienen antigüedades sino señores de 10, 20, 30, 50 y 100 indios. Este desarrollo autónomo fue interrumpido por la colonización y, a fines de 1535, Francisco Pizarro envió al capitán español Juan Porcel de Padilla a conquistar Bracamoros.